Питер Макникол был младшим из пяти детей. Учился в Университете Далласа и Университете Миннесоты (Миннеаполис).
Во время учёбы в Миннесоте два сезона выступал в театре Гатри. Затем переехал в Нью-Йорк, где сыграл в небродвейском спектакле по пьесе Бет Хенли «Преступления сердца», за роль в котором получил премию Theatre World Award.
В начале 1980-х Макникол попал в кино, сыграв главные роли в двух разных фильмах: в фантастическом фильме «Убийца дракона» (1981) и в драме Алана Пакулы «Выбор Софи» (1982). Макникол много появлялся в кино, не оставляя сцену: на Бродвее он участвовал в спектаклях по пьесам Шекспира «Ричард II», «Ромео и Джульетта» и «Двенадцатая ночь».
В 1997—2000 годах Макникол сыграл эксцентричного адвоката Джона Кейджа в телесериале «Элли Макбил», за эту роль он получил несколько премий, в том числе премию «Эмми». В настоящее время он занят в сериалах «24 часа» и «Числа». В 2008 году должен выйти режиссёрский дебют Макникола Salvation on Sand Mountain. В этой картине он также является автором сценария, продюсером и исполнителем главной роли.
Живёт в Лос-Анджелесе со своей женой Мартой Сью, на которой женился в 1986 году; у них растёт сын. Увлечение актёра - игра на волынке.