Джованни Анджело де Медичи происходил из боковой, обедневшей ветви рода Медичи. Родился 31 марта 1499 года в Милане. Был сыном нотариуса. Посвятил себя медицине и юриспруденции.
Учился в университетах в Павии и Милане.
Павел III принял его на службу в папскую курию. Павел III назначил его архиепископом Рагузы (Сицилия), а в 1549 году — кардиналом.
Джованни Анджело Медичи считался человеком ясной и спокойной души, полным жизнерадостности. Его отличие от гордого и неприступного предшественника Павла IV бросалось в глаза, и это решило вопрос о его избрании папой римским. Будучи от природы доброжелательным, папа римский Пий IV тем не менее с необычайной суровостью отнесся к непотам своего предшественника: кардинала Альфонсо он приговорил к изгнанию, другой — Джованни — сложил голову на эшафоте, а кардинал Карло, который на конклаве голосовал за Пия, был задушен в тюрьме в Замке св. Ангела.
В то же время Пий IV раздал потомству своих трех сестер кардинальские шапки, а собственным детям обеспечил выгодные бенефиции. Самым известным из кардиналов-непотов оказался Карло Борромео (1538—1584), позднее — епископ Милана, усердный реализатор постановлений Тридентского собора, основатель первых духовных семинарий. Карло был канонизирован в 1610 году.
Пий IV довел дело до окончательного завершения работы собора. Решения, принятые собором, ничем не ограничивали власть папы, отдавая под его опеку осуществление реформы церкви. Идеи конциляризма (тезис о верховенстве собора над папой римским) были на длительное время отодвинуты в тень. Так же были преданы осуждению учения Мартина Лютера и Жана Кальвина и сформулированы главные принципы католической доктрины о таинствах, о милосердии божьем и о роли церкви в спасении человека от греха. Собор принял также много постановлений дисциплинарного характера. Следует отметить, что папы не принимали участия ни в одной из 25 сессий собора. 26 января Пий IV подписал соборные декреты и немедленно приступил к их реализации. Был подготовлен Тридентский катехизис — основной учебник католической веры, предназначенный для низшего духовенства. Сформулирован был также текст присяги, которую обязывался принести каждый священник перед тем, как занять церковную должность. Появилась Конгрегация собора, в задачу которой входил контроль за осуществлением постановлений, принятых в Триденте. В 1564 году появился исправленный и дополненный «Индекс запрещенных книг».
В разгоревшиеся тогда в Европе религиозные войны папа не вмешивался.