Пол является воспитанником Академии глазвегианского «Селтика». Дебют Макгоуэна в составе «кельтов» состоялся в сентябре 2007 года в победном матче «бело-зелёных» над клубом «Инвернесс Каледониан Тисл».
Первый гол за глазвегианцев Пол забил 7 августа 2008 года в товарищеской встрече с английским «Манчестером Сити», проходившей на стадионе «Селтик Парк». В этой же игре он имел шанс сделать «дубль», однако его удар пришёлся в каркас ворот манкунианцев, а сама встреча закончилась с счётом 1:1.
10 декабря 2008 года Макгоуэн впервые вышел за глазвегианцев в еврокубковом матче, заменив партнёра по команде Эйдена Макгиди на 75-й минуте встречи с испанским «Вильярреалом». Игра проходила в рамках последнего тура группы E Лиги чемпионов. «Кельты» победили испанцев 2:0, но всё равно финишировали с худшим результатом в своей группе.
17 декабря 2009 года Пол дебютировал в другом европейском турнире — Лиге Европы. Соперником «Селтика» был австрийский клуб «Рапид». Макгоуэн, выйдя в стартовом составе «бело-зелёных», провёл весь матч и отличился забитым голом на 91-й минуте встречи.
В сезоне 2006/07 Пол на правах аренды присоединился к клубу «Гринок Мортон», выступавшему во Втором дивизионе Шотландии. Играя на позиции форварда, он забил 16 мячей в 44 играх клуба, став лучшим бомбардиром команды. «Мортон», победив в турнире, вышел в Первый дивизион, а самого Макгоуэна включили в символическую сборную сезона Второй шотландской лиги. Также он занял третье место в споре за звание «Футболиста года».
В межсезонье «Гринок Мортон» попытался выкупить у «Селтика» трансфер игрока, однако глазвегианцы запросили за Пола слишком большую сумму для «сине-белых», и переход не состоялся.
В январское трансферное окно 2009 года Макгоуэн вновь оказался в аренде — в клубе шотландской Премьер-лиги, «Гамильтон Академикал». Первую игру за «Академикал» Пол сыграл уже 10 января, когда в матче Кубка Шотландии его команда победила «Росс Каунти» 1:0. Проведя за «Гамильтон» 16 игр и забив 1 гол, в мае этого же года Макгоуэн вернулся в стан «кельтов».
В июле 2010 года Пол в третий раз в своей карьере был ссужен «Селтиком» в другой клуб — на этот раз в команду «Сент-Миррен».
Дебют Макгоуэна за «святых» состоялся 14 августа, когда его клуб встречался с «Данди Юнайтед». Через одиннадцать дней Пол открыл счёт своим голам в «Сент-Миррене», поразив в матче Кубка Лиги ворота «Росс Каунти». 18 января 2011 года Макгоуэн оформил свой первый «хет-трик» в профессиональной карьере. Случилось это в поединке Четвёртого раунда Кубка Шотландии, в котором соперником «святых» был «Питерхед». Окончательный счёт матча — 6:1 в пользу «Сент-Миррена».
6 июня 2011 года нападающий перебрался в стан «святых» на постоянной основе, заключив двухлетнее соглашение о сотрудничестве. 12 января 2012 года Макгоуэн был признан «Игроком месяца шотландской Премьер-лиги» по итогам декабря.
(откорректировано по состоянию на 7 апреля 2012)
«Гринок Мортон»
Макгоуэн женат, имеет сына Лео.