Дебютировал в июле 2001 года.
В июне 2006 года Малиньяджи проиграл по очкам Мигелю Анхелю Котто.
В июне 2007 года Пол Малиньяджи встретился с багамцем Эднером Черри. Малиньяджи превосходил своего противника в скорости и точности ударов. Он победил по очкам единогласным решением судей.
В июне 2007 года Пол Малиньяджи вышел на ринг против чемпиона мира в 1-м полусреднем весе по версии IBF Лавмора Нду. Претендент доминировал весь бой. Нду постоянно шёл вперёд, но его удары часто шли мимо цели, а Малиньяджи работал на отходах, выбрасывая точные удары. В середине 6-го раунда рефери снял с чемпиона очко за удар по затылку. В середине 9-го раунда Малиньяджи выбросил правый хук в голову противника. Нду упал на канвас, но сразу же поднялся. Комментаторы HBO назвали это флэш-нокдауном. По окончании 12-ти раундом судьи с разгомным счётом отдали победу Малиньяджи.
22 ноября 2008 в Лас-Вегасе, США состоялся поединок между двумя экс-чемпионами мира в первом полусреднем весе — британцем Рикки Хаттоном и американцем Полом Малиньяджи. Хаттон выглядел быстрее своего соперника и сразу же захватил инициативу. Малиньяджи пытался встречать Хаттона, но у него это не получалось, и несколько раз американец оказывался на грани нокдауна после левых боковых Хаттона, и был вынужден искать спасения в клинче. Вообще на протяжении всего поединка Хаттон владел очевидным преимуществом, раз за разом нанося точные удары своему сопернику, а Малиньяджи много клинчевал, отступал и практически не атаковал британца. В одиннадцатом раунде после очередной успешной атаки Хаттона тренер Малиньяджи Бадди Макгирт остановил бой, выкинув полотенце.