О происхождении Варвары неизвестно. Дата рождения определена примерно на основании единственной сохранившейся её фотографии 1913 года. Предполагают, что она была супругой Д. В. Яковлева, принадлежащего к семье, близкой к императорскому двору. Первые сведения о Варваре относятся к 1906 году — она была награждена медалью Красного Креста (вероятно ухаживала за раненными).
Она приняла монашеские обеты 15 апреля 1910 года вместе с большинством первых насельниц Марфо-Мариинской обители. По воспоминаниям пришла в обитель из дворца великой княгини Елизаветы. Стала келейницей Елизаветы Фёдоровны и всегда была при ней. После ареста великой княгини 7 мая 1918 года Варвара вместе сестрой Екатериной (Янышевой) последовала за ней в ссылку в Пермь. После перевода великой княгини в Екатеринбург, несмотря на уговоры и угрозы властей, не захотела оставить свою настоятельницу.
Варвара была убита вместе с другими Алапаевскими мучениками в ночь на 5 (18) июля 1918 года. Её живую сбросили в одну из заброшенных шахт железного рудника Нижняя Селимская в окрестностях Алапаевска, которую закидали гранатами. Варвара скончалась через несколько дней от голода и полученных ран.
Тело Варвары было найдено 22 октября 1918 года администрацией адмирала А. В. Колчака. Вместе с останками великих князей его перевозили по России, укрывая от большевиков. В Чите в Богородицком монастыре тело Варвары одели в монашеское облачение и в 1920 году оно было привезено в Пекин. Вскоре, исполняя желание Елизаветы Фёдоровны быть похороненной на Святой земле, тело Варвары и великой княгини было перевезено в Иерусалим, где 28 января 1921 года тела мучениц были торжественно встречены греческим и русским духовенством, принцессой Викторией и русскими эмигрантами.
30 января Иерусалимский Патриарх Дамиан совершил панихиду и погребение останков Елизаветы Фёдоровны и монахини Варвары в крипте храма Равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании. После прославления РЦПЗ княгини и инокини в лике святых 1 мая 1982 года, в день празднования Недели святых жен-мироносиц, их мощи были перенесены из крипты в храм где их положили в раках у иконостаса. 4 ноября 1992 года Варвара вместе с великой княгиней Елизаветой на Архиерейском соборе Русской православной церкви таже были прославлены в лике святых.
8 июня 2009 года Генеральная прокуратура России посмертно вместе с другими алапаевскими мучениками реабилитировала инокиню Варвару.