Родился в семье крестьянина Петра Гаврина, хорошо знавшего грамоту и бывшего в селе писарем. Окончил церковноприходскую школу.
В 1916 году переехал в Москву и поселился недалеко от храма Ризоположения. В 1923 году пострижен в монашество. Усугубил подвижнические труды и за свое благочестие стал известен многим верующим. Также был известен как хороший ветеринар.
В тридцатых годах настоятелем храма был протопресвитер Александр Хотовицкий, духовный отец Алексея Петровича.
Арестован 22 октября 1937 года и заключён в Бутырскую тюрьму. Фрагмент допроса:
23 ноября 1937 года «Тройка» УНКВД по Московской области приговорила инока Алексия к расстрелу за то, что «проводил систематическую антисоветскую агитацию, в контрреволюционных целях прославлял могилу умершего иеромонаха Аристоклия, организовывал на нее паломничество» и «активно участвовал в контрреволюционной церковно-монархической группировке».
Расстрелян 10 декабря 1937 года. Погребен в общей могиле на полигоне Бутово.
Реабилитирован в июне 1989 года.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских постановлением Священного Синода 17 июля 2001 года для общецерковного почитания.
День памяти: 27 ноября/10 декабря и в Соборе святых новомучеников и исповедников Российских.