Окончил духовное училище и в 1895 году поступил послушником в Московский Чудов монастырь, где вскоре был пострижен в монашество с именем Варлаам. Около 1909 года он был рукоположен в сан иеродиакона, а затем — в сан иеромонаха. Церковное служение:
В 1929 году возведён в сан игумена.
Впервые арестован 28 декабря 1930 года во время массовых арестов священнослужителей и насельников монастырей. На допросе 31 января 1931 года отвечал «На заданный мне вопрос о моем отношении к существующему строю показываю: я монах, сторонник Церкви тихоновской ориентации, поэтому привык к повиновению, и поскольку такая политическая власть дана Богом, то, следовательно, я ей полностью подчиняюсь и даже поддерживаю. Родственников, как в пределах Союза, так и за границей, кроме упомянутого мною брата, не имею и переписки также, поэтому вращаюсь исключительно в среде своих прихожан». По окончании допроса был приговорён к трем годам ссылки в Казахстан за контрреволюционную деятельность, выражавшуюся в антисоветской агитации.
После возвращения из ссылки отец Варлаам был направлен служить в Покровский храм в село Дьяково Московской области. 20 октября 1936 года он был переведен служить в Покровскую церковь в село Андреевское Дмитровского района.
Вторично арестован 5 ноября 1937 года по обвинению в антисоветской агитации и заключён в Таганскую тюрьму в Москве. Лжесвидетели утверждали, что игумен Варлаам «за последнее время всячески пытается расширить и укрепить влияние Церкви на население, и в этих целях он участил службы в церкви; вместо того чтобы служить только по воскресным дням, ввел службы и в выходные дни для рабочих Яхромской фабрики, причем сами службы тянутся очень долго… Из указанных фактов явствует, что Никольский к существующему строю настроен враждебно». На допросах виновным себя не признал. Фрагмент допроса:
Особая тройка НКВД по Московской области постановлением от 17 ноября 1937 года приговорила отца Варлаама к расстрелу.
Расстрелян 19 ноября 1937 года и погребён в безвестной общей могиле на Бутовском полигоне.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания Деянием Юбилейного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви, проходившего 13—16 августа 2000 года в Москве.
День памяти: 6/19 ноября и в Соборе новомучеников и исповедников Российских.