После смерти своего отца в 1853 году Мартинус Преториус был назначен коммандант-генералом бурских переселенцев за рекой Вааль. После этого он перебрался со своей фермы Колкувел около Врудерструма в Потчефструм. Мартинус Преториус был последним главой государства Потчефструм с 1853 по 1853 году. В 1855 года он основал новый город, Претория-Филадельфия, в честь своего отца и его братьев, но город стал известен под более коротким названием, как Претория. Через пять лет сюда была перенесена столица Южно-Африканской республики
Преториус был одержим идеей добиться объединения Южно-Африканской республики и Свободного Оранжевого государства, ради чего даже отказался от поста президента Трансвааля и занял аналогичную должность в Блумфонтейне. Это вызвало в республике серьёзный политических кризис. Сторонники Стефануса Схумана, генерал-команданта и президента Трансвааля (1860—1862), составившие так называемую Народную армию, и М. В. Преториуса, образовавшие Армию государства, перешли к вооруженной конфронтации. Противостояние закончилось в 1864 году, когда Преториус вновь занял должность президента Трансвааля.
Борьба за власть между правителями округов, постоянные стычки с африканцами ухудшали тяжелое экономическое и политическое положение Трансвааля. Во второй половине 1860-х годов власти республики даже вынужден был пойти на эвакуацию части бурских поселений с северной границы республики, так как не могли обеспечить необходимую защиту от набегов со стороны африканцев . Другим серьёзным ударом по престижу Трансвааля стала неудача в борьбе с Великобританией за спорные территории в районе слияния рек Оранжевая и Вааль, где в конце 1860-х годов были обнаружены крупнейшие месторождения алмазов. Преториус пытался отстоять приоритет Трансвааля на обладание Алмазным полями, как стали называть эту область, но действовал так неудачно, что именно на него возложили всю вину за их потерю. В результате в 1872 году новым президентом стал Т. Ф. Бюргерс.
В 1880 году, в период борьбы буров против аннексии Трансвааля Великобританией, наряду с П. Крюгером и П. Жубером стал членом правящего триумвирата; в 1881 году подписал с британскими представителями в Претории (административном центре Трансвааля) конвенцию, по которой Великобритания признавала независимость Трансвааля.
Умер в 1901 году в Потчефструме.