Принцесса Мария была старшей дочерью прусского фельдмаршала принца Фридриха Карла Прусского (1828—1885) и его супруги принцессы Марии Анны Анхальт-Дессауской (1837—1906). Мать Марии была младшей дочерью герцога Леопольда IV Анхальтского и принцессы Фредерики Прусской.
23 августа 1878 года принцесса Мария вышла замуж за принца Генри Оранж-Нассау (1820—1879) в Новом дворце, Потсдам. Генри с 1850 года был губернатором Люксембурга. Сам принц был сыном Вильгельма II Нидерландского и великой княжны Анны Павловны. Брак должен был помочь спасти Оранскую династию от исчезновения, но смерть Виллема от кори в 1879 году этому помешала.
Через шесть лет, 6 мая 1885 года принцесса второй раз вышла замуж. Её избранником стал принц Альберт Саксен-Альтенбургский (1843—1902), сын принца Эдуарда и его второй жены Луизы Каролины. Церемония состоялась в Берлине. У супругов родилось двое детей:
16 февраля 1883 года Мария стала крёстной матерью своего племянника принца Артура Коннаутского, единственного сына её сестры Луизы Маргариты Прусской. Крещение прошло в частной часовне Виндзорского замка.
Принцесса умерла от последствий родильной лихорадки 20 июня 1888 года. Была похоронена в семейном склепе семьи Саксен-Альтенбург. Её второй муж в 1891 году женился на герцогине Елене Мекленбург-Стрелицкой (1857—1936).