Мать Птолемея неизвестна, он наследовал Птолемею XI Александру II, который был растерзан толпой, после того как приказал убить свою популярную соправительницу Беренику III, дочь Птолемея IX.
Сначала он правил совместно с Клеопатрой V Трифаэной, последнее упоминание о которой датируется 69 г до н. э. Его культовое имя Neos Dionysos (Новый Дионис) дало ему кличку Авлет (Флейтист), согласно Страбону (XVII, 1, 11).
Во время своего правления он пытался обеспечить своё будущее и будущее своей династии проримской политикой. На пике этой политики, заплатив большие взятки как Цезарю так и Помпею, он вступил в формальный союз и его имя было внесено в списки «друзей и союзников римского народа». Однако, когда в 58 г до н. э. он проигнорировал завоевание Римом Кипра, где правил его брат, восстание в Александрии вынудило его бежать в Рим. Его дочь Береника IV стала его преемницей.
Из Рима он добивался своего возвращения и в 55 г до н. э. с помощью римских войск он был возвращён на трон. Он оставался единственным правителем до 51 г до н. э., когда заболев, провозгласил свою дочь Клеопатру VII соправительницей. В своём завещании он постановил, что она и её брат Птолемей XIII будут совместно править Египтом. Исполнителем своего завещания он назначил Рим.