Хуан де Санабрия родился в 1499 году в Алькантре в знатной семье, его отец был губернатором города. Обучался в университете Саламанки, но не закончил его, увлекшись францисканскими идеями и приняв решение вступить в орден.
В первой половине XVI века францисканское движение переживало кризис, который вызвал к жизни многочисленные реформы в ордене, ставившие своей целью возврат к первоначальным идеалам францисканской бедности и углубление аскетической жизни в ордене. В 1517 году папа Лев X официально признал существование в самом францисканском ордене двух независимых групп, получивших название братьев-миноритов строгого соблюдения правила (т. н. обсерванты) и братьев-миноритов конвентуалов. В 1525 году Матвей Басси основал орден капуцинов как реформистское течение внутри миноритов-обсервантов.
При постриге Хуан де Санабрия принял имя Пётр. Брат Пётр был горячим сторонником углубления аскетической жизни в ордене, поэтому присоединился к обсервантам, ветви с наиболее строгим уставом. После принесения обетов был направлен в монастырь Бельвиса, в 1524 году был рукоположен во священники. Был настоятелем нескольких монастырей, в каждом из которых добивался строгого соблюдения устава. В 1538 году был избран провинциалом. В 1540 году на капитуле в Пласенсии по инициативе Петра Алькантрийского в ряде монастырей был приняты новые правила, включавшие в себе строгие аскетические практики. Одной из этих практик было хождение босиком в определённые периоды года, что принесло монахам, соблюдавшим правила Петра Алькантрийского, прозвище босоногие, которое впоследствии стало символом высшей степени аскетической жизни в различных монашеских орденах. Реформы вызвали протесты недовольных, которые привели к тому, что Пётр сложил с себя звание провинциала, покинул Испанию и удалился в португальские горы, чтобы вести там жизнь отшельника. Однако вскоре его сторонники призвали его в Испанию, где он основал целый ряд новых монастырей, которые присоединились к принявшим реформу.
В 1559 году Пётр был утверждён главным комиссаром реформированных монастырей, в 1561 году они были выделены в отдельную провинцию внутри ордена францисканцев-обсервантов. Реформы Петра из Алькантры вызвали отклик в других странах Европы, вскоре монастыри босоногих францисканцев появились в Португалии, Италии и других странах.
Встречался с императором Карлом, который был впечатлён беседой со святым и пригласил его стать своим духовником, однако тот отказался. Пётр Алькантрийский был наставником и духовником святой Терезы Авильской, которая отзывалась о нём, как о великом аскете. Реформа кармелитского ордена, проведённая вскоре святой Терезой, во многом основывалась на реформаторских идеях святого Петра из Алькантры.
Главный труд святого Петра — «Трактат о молитве и медитации» (1562 год). До нас дошла значительная часть переписки святого Петра и святой Терезы Авильской.
Был беатифицирован 18 апреля 1627 года папой Григорием XV, канонизирован 28 апреля 1669 года папой Климентом IX. Католическая церковь отмечает память святого 18 октября.