Военную службу начал в Черноморском флоте с 1813 г. гардемарином; в 1819 г. был произведён в мичманы, в 1826 — в лейтенанты. В этом и следующем году Никонов, командуя транспортом «Св. Пётр, входившим в состав Дунайской флотилии, плавал между Херсонесом и Измаилом, а в 1828 г. командовал яхтой «Твёрдая». В 1829 г., состоял адъютантом при главном командире Черноморского флота, на корабле «Париж» крейсировал с флотом в Чёрном море, а затем, находясь на корабле «Св. Иоанн Златоуст», принимал участие в сражении при взятии «Мидии», за что был награждён орденом св. Анны 3-й степени.
В 1834 г. Никонов был произведён в капитан-лейтенанты, но в 1840 г. за жестокое обращение с подчинёнными был подвергнут строгому взысканию, причём «впредь ему повелено служить за мичмана», и он был отправлен в Дунайскую флотилию при крепости Измаил.
Всемилостивейше прощённый 25 мая 1842 г., Никонов в декабре того же года был назначен членом Кораблестроительного учебного комитета в Николаеве, где прослужил до 1857 г., когда с чином генерал-майора вышел в отставку. 26 ноября 1847 г. был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 7788 по списку Григоровича—Степанова).