Пётр Вагнер обучался в Дерптском университете, окончил курс в 1819 году аптекарским учеником. В 1826 году после окончания Виленского университета получил звание лекаря с правом искать степень доктора медицины. Служил врачом на Урале при казённых Богословском и Верх-Исетском заводах, производил минералогические исследования; им, между прочим, описана разновидность эпидота — пушкинит (назван в честь Мусина-Пушкина, попечителя Казанского округа). В 1831 году за «Медико-топографическое описание Богословского завода» получил степень доктора медицины. В 1840 году назначен экстраординарным профессором минералогии и геогнозии в Казанском университете, занимался геологическими исследованиями в Казанской, Саратовской, Симбирской и Оренбургской губерниях. В 1865 году Вагнер был уволен со службы о званием заслуженного профессора и переехал в Москву. Скончался в 1867 году.