Пётр Чудинов родился в 1922 году в семье служащих. Отец Константин Гаврилович был организатором сельскохозяйственного кооперативного общества, потом работал в заводоуправлении (расстрелян в мае 1938, реабилитирован в 1956). Мать Мария Алексеевна — сельская учительница.
Пётр Чудинов закончил геологический факультет Молотовского государственного университета (1947), специализировался на кафедре исторической геологии и палеонтологии. Во время войны служил стрелком-радистом (1944—1945). После окончания университета работал в Естественнонаучном институте Пермского университета, потом в приисковой конторе «Прикамнефть».
В 1951 г. поступил в аспирантуру Палеонтологического института АН СССР, в 1954 г. защитил кандидатскую диссертацию по теме «пермские котилозавры» под научным руководством Ивана Антоновича Ефремова. Начиная с 1954 года тридцать лет проработал в Палеонтологическом институте.
В 1952, 1957, 1958, 1960 годах проводил раскопки верхнепермских отложений возле города Очер Пермской области, в ходе которых была открыта крупнейшая страница в истории животного мира суши. Чудинов принимал участие в более чем сорока экспедициях, в том числе в Приуралье, Архангельской области, Казахстане, Китае и Монголии.
В 1972 г. защитил докторскую диссертацию по ранним терапсидам. После выхода на пенсию продолжал научную деятельность. В 1997 г. недолго работал в Пермском университете.
Автор около 70 публикаций, в том числе зарубежных. Почётный член Российского палеонтологического общества и Американского общества палеонтологии позвоночных.
Чудинов был учеником Ивана Ефремова, организовал несколько конференций памяти своего учителя, написал книгу (1987), в которой раскрывался Ефремов как человек, учёный и писатель, редактировал том его научной переписки (1994).
По воспоминаниям дочери, Чудинов любил книги Генри Дэвида Торо, Тейяра де Шардена, Вернадского, Тютчева, Диккенса, Джерома К. Джерома, Киплинга, «Песнь о Гайавате» Лонгфелло, «Унесённые ветром» Маргарет Митчелл; испытывал страсть к словарям, которые «читал как детективы», особенно Оксфордский словарь, Словарь Даля.