В профессиональном баскетболе Самойленко с 1992 года. Первым клубом баскетболиста стал украинский «Шахтер» (Донецк), за который он отыграл ровно 3 года. Далее он играл один год за луганский «Спартак», затем прешёл в баскетбольный клуб «Самара». Основной период своей карьеры Самойленко провел в составе казанского УНИКСа, за который выступал с 1998 по 2007 год. В 2007 году спортсмен подписал контракт с московским баскетбольным клубом «Динамо». Отыграв в этом клубе один сезон, Самойленко вернулся в УНИКС.