Пётр Николаевич Ахлюстин родился 12 июня 1896 года в городе Касли. Русский.
На службе в Русской императорской армии с августа 1915 года. Во время Первой мировой войны воевал на Западном фронте в составе 2-го Лейб-гусарского Павлоградского полка и прошёл путь от рядового до младшего унтер-офицера. После демобилизации в декабре 1917 года вернулся в родной город и работал кочегаром на Каслинском металлурическом заводе. 24 июня 1918 года добровольно вступил в ряды Красной Армии. В годы Гражданской войне в России командовал взводом, пулемётной командой, сотней.
После войны, окончив в 1926 году Симферопольские курсы комсостава РККА, а в 1928 году кавалерийские КУКС РККА в Новочеркасске, прошёл путь от командира учебного взвода до командира кавалерийской дивизии. Приказом НКО от 15 февраля 1941 года назначен командиром 39-го стрелкового корпуса, но уже 27 февраля этот приказ был отменён, а П. Н. Ахлюстин был назначен командиром 13-го механизированного корпуса.
С первых дней Великой Отечественной войны корпус вступил в сражение с превосходящими силами противника и вскоре был окружён. К концу июля части корпуса под руководством генерал-майора Ахлюстина вышли к реке Сож на соединение с частями Красной Армии. 28 июля 1941 года в районе Пропойска при переправе через реку Сож Пётр Николаевич Ахлюстин погиб.