Отец — Н. П. Столпянский, педагог и составитель азбук.
П. Н. Столпянский в юности (с 1887 г.) участвовал в революционных кружках. Учился в Харьковском технологическом (с 1892), затем в Санкт-Петербургском технологическом (до 1894) институтах (курса не окончил). Работал техником и чертёжником в Глухове, затем помощником машиниста железнодорожного депо на станции Петровск (ныне Махачкала) Владикавказской железной дороги.
Вернулся в Санкт-Петербург в 1896 г., но был выслан и уехал в Смоленск, где начал заниматься журналистской деятельностью, которую с 1900 г. продолжил в Санкт-Петербурге, затем в том же году в Екатеринбурге, затем (1900—1903) в Самаре, затем (1903—1906) в Оренбурге. В 1906 г. был арестован и год провёл в тюрьме.
В 1907 году вернулся в Санкт-Петербург. С 1908 года занимался изучением русской истории, затем посвятил себя истории Санкт-Петербурга. С 1912 по 1918 год работал в Русском музее библиотекарем и библиографом. Сотрудничал в журналах «Старые годы», «Русский библиофил», «Зодчий» и др.
После Октябрьской революции работал экскурсоводом, выступал с лекциями, одновременно сотрудничая в газетах. С 1930 года был консультантом Публичной библиотеки. С 1931 года преподавал на курсах экскурсоводов.
Создал картотеку по истории Санкт-Петербурга (порядка полумиллиона карточек), которую в 1930 году передал в Публичную библиотеку. Был председателем общества «Старый Петербург — Новый Ленинград». Автор свыше 200 работ по истории Санкт-Петербурга и его пригородов.
Написал несколько киносценариев.
Похоронен на Литераторских мостках.