П. П. Фан-дер-Флит происходил из голландского рода, обосновавшегося в России в первой половине XVIII века.
По окончании курса во 2-й Санкт-Петербургской гимназии в 1857 году Пётр Фан-дер-Флит поступил в Санкт-Петербургский университет на математическое отделение физико-математического факультета. Получив степень кандидата в 1862 году, он в следующем году поступил на педагогические курсы министерства народного просвещения, где отучился два года.
В 1864 году был избран консерватором физического кабинета университета, а затем был переведен на должность лаборанта. В 1872 году защитил диссертацию на степень магистра физики по теме «Опыт объяснения некоторых внутренних явлений гидроэлектрической цепи», а в 1877 году защитил диссертацию под назманием «Опыт объяснения внешних действий явлений электрического тока» на степень доктора физики.
В 1881 году обе эти диссертации были вновь переработаны и изданы вместе под общим заглавием «Опыт физической теории электрического тока». В 1873 году Фан-дер-Флит начал читать в университете в качестве приват-доцента, в 1880 году он был избран экстраординарным профессором, а 1885 году назначен ординарным.
Во всех своих статьях и лекциях Фан-дер-Флит предстаёт прежде всего одарённым педагогом с хорошим философским образованием. Простота и строгая логичность изложения, избегание дешёвых внешних эффектов, обдуманность самых мелких деталей — таковы отличительные качества работ Фан-дер-Флита. Им было сконструировано немало простых но наглядных приборов для демонстрирования различных физических явлений на лекциях.
Кроме чтения лекций и занятий со студентами-естественниками в физической лаборатории, Фан-дер-Флит оказывал студентам и материальную помощь. В течение нескольких лет он принимал большое участие в делах общества помощи студентам Санкт-Петербургского университета, состоял членом комитета этого общества, а затем членом ревизионной комиссии.
Состоял гласным в городской думе Санкт-Петербурга. Жена — Пелагея Николаевна, сестра известного русского литературоведа А. Н. Пыпина.
П. П. Фан-дер-Флит скончался в 1904 году.
Наиболее важные работы П. П. Фан-дер Флита посвящены электричеству и теоретической механике:
Статьи в «Журнале Русского физико-химического общества»:
Статьи в «Журнале опытной физики и элементарной математики»:
Статьи о преподавании математики и физики в средних учебных заведениях: