В 54 до н.э. Ватия был претором. В должности претора он противостоял Pomptinus в его стремлении получить триумф. В начале гражданской войны Ватия перешел от оптиматов к Цезарю. Цезарь сделал его своим коллегой по консулату в 48 году до н.э. и вскоре покинул Рим для борьбы с Помпеем в Греции, оставив Ватию управлять Римом.
Ватия Исаврик стал очень противоречивой фигурой после отъезда Цезаря из Рима, став единоличным главой государства, пока Цезарь воевал с Помпеем Великим. Наряду с Гаем Требонием Ватия Исаврик рассматривался в качестве виновника полного развала римской экономики в I веке до н.э. вместе с лидером популяров и магистратом Марком Целием Руфом, который возглавил толпу против режима в 48 году до н.э.
В марте Целий начал разговоры об отмене всех долгов в городе, так как даже верхние слои начали ощущать давление денег. Так например, жену Цицерона Теренцию заставили продать большую часть ее драгоценностей. Целий не имел полномочий по списанию долгов, его магистратура ограничивалась контролем за приезжими в Риме. Но Требоний имел все полномочия списать долги.
После созыва трибунала на Форуме во второй раз, Ватия Исаврик взошел на Форум чтобы встретиться с мошенником-магистратом, которого сопровождала свита из охранников с фасциями. После горячего спора в трибунале Ватия Исаврик лихо вытащил топор и разрубил одну из фасций, а также разрушил деревянное магистратское кресло Целия. Спор Целия и Ватии Исаврика чуть не дошел до рукоприкладства, и толпа восстала против консула, так что охранники вынуждены были обнажить свои топоры для отражения бушующей толпы.
В мае того же года Ватия Исаврик был оскорблен Целием, когда тот вернулся на Форум потребовать списания всех долгов в Риме, независимо от размера и кредитора. Некоторые полагают, что требования Целия были реакцией на угрозу Ватия Исаврика арестовать Целия. Независимо от того, кто сделал первое неправильное движение, Ватия Исаврик имел войска, которые двигались через Рим на войну Цезаря с Помпеем, и которыми он воспользовался. Они с боем пробились к Форуму, чтобы попытаться схватить Целия, но были атакованы римской толпой. В первый раз римские граждане атаковали римские войска в Риме.
Целий высмеял Ватию Исаврика, восстановив свое разрушенное магистратское кресло, которое было скреплено кожаными ремнями. Известно, что Ватия Исаврик наказывался кожаными ремнями своим отцом, что не делало чести его имени, хотя Ватия Исаврик утверждал, что это лишь закалило его. Целий постоянно ускользал от Ватии Исаврика, и не был арестован до присоединения к Титу Аннию Милону в мятеже против Цезаря. Оба были схвачены и казнены.
После смерти Цезаря Ватия встал на сторону Сената против Марка Антония. Когда Октавиан, с которым была помолвлена дочь Ватии Сервилия, покинул сторону Сената и помирился с Марком Антонием, Ватий также покинул сторону Сената. После создания триумвирата Октавиан разорвал свою помолвку с Сервилией, чтобы жениться на Клодии, дочери Фульвии, жены Антония. В качестве компенсации за нанесенный ущерб Ватия был назначен консулом в 41 году до н.э. вместе с Луцием Антонием. Сервилия вышла замуж в 36 до н. э. за сына Марка Эмилия Лепида, у которого были дети только от Юнии Секунды, т.е. за своего двоюродного брата Лепида Младшего.