Родился в татарской семье . В 1982 году окончил исторический факультет Московского государственного университета, кандидат исторических наук. С 1984 по 1991 годы работал в Институте международной экономики международных отношений (ИМЭМО) АН ССР.
С 1990 года работал в издательском доме «Коммерсантъ». Занимал должности заведующего отделом международной жизни, выпускающего редактора газеты «Коммерсантъ» (с 1992 — «Коммерсантъ-daily»). Разработал концепцию еженедельника «Деньги» и был его главным редактором (1994—1996). С января 1997 по март 1999 года — главный редактор газеты «Коммерсант-Dаіly», также с 1997 года являлся шеф-редактором объединенной редакции «КоммерсантЪ» и членом коллегии издательского дома «Коммерсантъ». В марте 1999 г. был уволен генеральным директором издательского дома Леонидом Милославским из-за скандала, связанного с публикацией «15000000000 долларов потеряла Россия благодаря Примакову». Публикация появилась после отмены визита премьер-министра России Евгения Примакова в США в связи с началом бомбардировок НАТО Югославии без ведома Шакирова, который принёс извинения Примакову. Милославский уволил Шакирова из «Коммерсанта». Однако владелец и президент издательского дома Владимир Яковлев восстановил Шакирова на работе, повысив его до вице-президента.
С апреля 1999 до августа 1999 года — вице-президент ЗАО ИД «Коммерсантъ» с ответственностью за все издания ИД и одновременно главный редактор газеты «Коммерсантъ-daily». С ноября 1999 до февраля 2000 года — вице-президент по общественно-политическому и информационному вещанию телеканала «ТВ Центр».
С 8 февраля до 13 апреля 2000 года — первый заместитель председателя ВГТРК — генеральный директор и главный редактор государственного унитарного предприятия «Вести». С сентября 2001 по октябрь 2003 года — главный редактор ежедневного издания «Газета». С 16 октября 2003 по 6 сентября 2004 года — главный редактор газеты «Известия». С 2004 года — член Совета директоров газеты «Известия». Является руководителем ТОО «Нота Бене».
С февраля по август 2007 года — главный редактор еженедельника «The New Times».
С ноября 2008 по январь 2010 г. главный редактор интернет-портала Dailyonline.ru.