Дебютировал в сентябре 1995 года. В 1-м же бою встретился с бывшим чемпионом мира в легчайшем весе по версии WBC Виктором Рабаналесом. Маркес проиграл нокаутом в 8-м раунде.
В октябре 2001 года Маркес встретился с чемпионом в двух весовых категориях американцем Марком Джонсоном. Поединок был близким. В конце 10-го раунда Джонсон провёл спуртовую атаку. Маркес пытаясь, спастись, наклонился. Джонсон провел серию ударов по почкам. Рефери приостановил поединок и снял с Джонснона одно очко. По окончании 10-ти раундов мнения судей разделились: посчитал победителем мексиканца, а двое американца. Зал решение встретил недовольным гулом. Однако позднее выяснилось, что произошла ошибка в подсчёте голосов. В тот же вечер, после другого поединка, было объявлено, что победил раздельным решением судей Рафаэль Маркес.
В ферврале 2002 года состоялся 2-й бой между Рафаэлем Маркесом и Марком Джонсоном. В конце 7-го раунда Маркес провёл правый хук в челюсть, и его противник оказался в нокдауне. Джонсон поднялся на счёт 9. После возобновления боя Маркес попытался добить противника, но ему не хватило времени. В конце 8-го раунда Маркес провёл серию ударов по корпусу, а затем правым хуком в голову послал американца на канвас. Джонсон встал на счёт 7. Как только бой возобновился Маркес выбросил двойку в голову, и Джонсон рухнул на настил. Рефери прекратил поединок, не открывая счёт.
В феврале 2003 года Маркес в 8-м раунде нокаутировал непобеждённого чемпиона мира в легчайшем весе по версии IBF Тима Остина.
В октябре 2003 года Маркес по очкам победил Маурисио Пастрану.
В январе 2004 года Маркес вышел на ринг против Питера Фриссины. В конце 1-го раунда Маркес провёл двойку в голову противника. Потрясённый Фриссина отлетел на канаты. Маркес тут же добавил правый крюк в челюсть. Фриссина свалился на канвас. Он поднялся на счёт 4. После возобновления поединка Маркес обружил на претендента град ударов. Под их воздействием Фриссина вновь упал, но сразу же поднялся. Маркес не успел добивать противника, так как прозвучал спасительный для претендета гонг. В начале 2-го раунде Маркес сразу же бросился на противника. Он прижал Фрессину к канатам и начал избивать. Рефери вмешался и прекртатил поединок.
В июле 2004 года Маркес в 3-м раунде нокаутировал Хериберто Руиса.
В ноябре 2004 года состоялся 2-й бой между Маркесом и Маурисио Пастраной. Макрес нокаутировал противника в 8-м раунде.
В мае 2005 года он победил по очкам Рикардо Варгаса.
В ноябре 2005 года Маркес встретился с непобеждённым южноафриканцем Сайленсом Мабузой. В конце 1-го раунда Маркес левым хуком пробил в бороду. Мабуза зашатался и рухнул на канвас. Это был 1-й нокдаун в карьере южноафриканца. Мабуза поднялся на счёт 4. Маркес попытался добивать его, но не хватило времени. В бою Мабуза получил два рассечения - одно над левым глазом, другое - под правым. В начале 4-го раунда рефери приостановил поединок и направил южноафриканца к доктору. Врач разрешил продолжить бой. В конце 4-го раунда врач вновь осмотрел Мабазу. На это раз он посоветовал прекратить поединок. Рефери зафиксировал технический нокаут в пользу Маркеса. Угол Мабузы и зрители был недовольны остановкой бой.
В августе 2006 года состоялся 2-й бой между Маркесом и Сайленсом Мабузой. Маркез доминировал. Ближе к концу боя лицо южноафриканца превратилось в месиво. Мабуза напропускал в 9-м раунде кучу ударов. В перерыве между 9-м и 10-м раундами его угол принял решение об остановке боя.
В марте 2007 года состоялся бой между Рафаэлем Маркесом и чемпионом мира в легчайшем весе по версии IBF Исраэлем Васкесом. В середине 3-ого раунда Маркес выбросил в челюсть двойку - левый хук и сразу правый - затем добавил еще левый хук. Васкес отошёл назад. Маркес бросился за ним и выбросил серию ударов в голову. Васкес сдвинулся влево и выбросил левый хук, который пришёлся прямо в челюсть. Маркес оказался в нокдауне. Он сразу же поднялся. После возобновления бой Васкес попытался добить противника, но Маркес на все удары отвечал. В перерыве между 7-м и 8-м раундами Васкес сообщил своему углу, что не может дышать, так как сломал нос. Бой был прекращён. Маркес победил техническим нокаутом в 7-м раунде.
В августе 2007 года состоялся 2-й бой между Рафаэлем Маркесом и Исраэлем Васкесом. Бой получился очень зрелищным. Периодически боксеры устраивали размены. В частности 3-й раунд прошёл именно в таком ключе. В начале 6-го раунда Васкес провел левый хук в челюсть, и Маркес упал на канвас. Он сразу же поднялся. Сразу же после возобновления Васкес кинулся добивать противника. Он загнал его в угол. Маркес пытался отбиться, но пропускал больше. Чемпион смог выйти из угла, но Васкес сразу же прижал его к канатам. Маркес продолжал лихорадочно отбиваться, пятившись назад вдоль канатов. Васкес пытался его добить, однако Маркес все ещё стоял. Тут вмешался рефери и прекратил поединок. Маркес не согласился с решением рефери. Комментатор Showtime Стив Альберт назвал решением рефери спорным (controversial ending). Поединок получил статус "бой года" по версии журнала "Ринг", а 3-й раунд получил статус "раунд года" по версии журнала "Ринг".
В марте 2008 года состоялся 3-й бой между Рафаэлем Маркесом и Исраэлем Васкесом. Бой был таким же зрелищным как и предыдущие два. В середине 4-го раунда Маркес провёл правый хук в челюсть. Васкес шагнул назад. Маркес выбросил серию ударов. Правым хуком в голову он послал противника в нокдаун. Васкес поднялся на счёт 4. После возобновления Маркес кинулся добивать противника, но пропустил левый хук в подбородок от противника. Васкес выбросил еще один левый крюк туда же. Маркес был на грани нокдауна. Он ответил. Завязался размен. В конце 10-го раунда Маркес выбросил низкий правый хук. Удар пришёл в резинку. Рефери решил, что удар пришёлся ниже пояса и снял с Маркес одно очко. Весь 12-й раунд Васкес доминировал, пробивая точный удары в голову. В конце 12-го раунда Васкес пробил двойку в голову, и Маркес упал на канаты. Рефери отсчитал нокдаун. Сразу после возобновления поединка прозвучал гонг. Раздельным решением судей победу одержал Исраэль Васкес. Поединок получил статус "бой года" по версии журнала "Ринг".