Доктор медицинских и экономических наук. Имел звание генерал-майора. Имел дипломатический ранг Чрезвычайного и Полномочного Посла I класса. В 2008 году лишён всех рангов, чинов и званий и районным судом города Алма-Аты заочно приговорён в совокупности к 20 годам лишения свободы.
В 1986 году окончил Алма-Атинский государственный медицинский институт. После окончания института работал врачом-лаборантом КазНИИ хирургии, затем клинический ординатор, аспирант 2-го Московского медицинского института (1986—1989 годы). Приехав в Алма-Ату, работал старшим, затем ведущим научным сотрудником КазНИИ хирургии до 1993 года. С 1993 по 1996 год — коммерческая деятельность. С 1996 по 1997 год — первый заместитель начальника Главного управления налоговой полиции Государственного налогового комитета Республики Казахстан. Директор Департамента налоговой полиции Министерства финансов Республики Казахстан.
В 1997 году закончил высшую школу права «Адилет» и стажировался в Академии ФБР США.
С 1999 по 2000 год — Начальник Департамента КНБ по городу Алма-Ате и Алматинской области. С 2000 по 2001 год — Первый заместитель Председателя КНБ Республики Казахстан. С 2001 по 2002 год — Заместитель начальника Службы охраны Президента Республики Казахстан.
С 2000 года — Президент футбольного союза Казахстана.
С 2002 по 2005 годы — Чрезвычайный и полномочный посол Республики Казахстан в Австрийской Республике. Чрезвычайный и полномочный посол Республики Казахстан в Республике Словении, Республике Хорватии, Республике Македонии, Союзной Республике Сербии и Черногория. 18 февраля 2003 года на заседании Постоянного совета ОБСЕ официально выдвинул заявку на председательство Казахстана в ОБСЕ в 2009 году, однако заявка не получила поддержки ряда членов ОБСЕ. Успех Казахстана в продвижении заявки на председательство в ОБСЕ произошёл только после смещения Рахата Алиева со всех постов.
С июля 2005 года — Первый заместитель Министра иностранных дел Республики Казахстан. С августа 2005 года — Специальный представитель Республики Казахстан по вопросам сотрудничества с ОБСЕ. С 9 февраля 2007 г. — Чрезвычайный и полномочный посол Республики Казахстан в Республике Австрия, Постоянный Представитель Республики Казахстан при ОБСЕ и Международных организациях в Вене.
В конце января - начале февраля месяца 2007 года начали развиваться громкие события о похищении руководителей Нурбанка крупным акционером этого банка Рахатом Алиевым, позднее ставшие известными как "Нурбанкгейт".
1 февраля 2007 года Рахат Алиев (акционер Нурбанка) на своём автомобиле вместе с Вадимом Кошляком (советник первого зампреда Нурбанка) вывезли Абильмажина Гилимова (председатель правления «Нурбанка») и Жолдаса Тимралиева (бывший первый заместитель председателя правления «Нурбанка») за город в район посёлка Рахат, где насильно удерживали в течение двух суток с целью вымогательства. Рахат Алиев требовал, чтобы друзья и родственники Абильмажина Гилимова и Жолдаса Тимралиева переоформили на Алиева свое имущество. После их согласия Алиев распорядился их отпустить.
9 февраля 2007 Рахат Алиев на своём автомобиле вместе с Вадимом Кошляком вывезли в неизвестном направлении Айбара Хасенова (завхоза Нурбанка), а также снова вывезли Жолдаса Тимралиева. После чего след указанных лиц пропал.
В конце мая Алиев был обвинён в совершении преступления, предусмотренного частью 3 статьи 125 Уголовного Кодекса РК — «похищение людей, совершённое организованной группой, неоднократно, с применением оружия и насилия, опасного для жизни и здоровья в отношении двух и более лиц, из корыстных побуждений». 26 мая 2007 г. по представлению Министра внутренних дел РК Бауыржана Мухамеджанова указом президента РК Алиев смещён со всех постов. В то же же день Рахат Алиев заявил о переходе в оппозицию к президенту Назарбаеву.
28 мая 2007 г. Генеральной прокуратурой РК санкционирована мера пресечения — арест Рахата Алиева и направлена в г. Вена, Австрия, специальная группа из сотрудников прокуратуры и других правоохранительных органов и представителей Интерпола для его проведения.
Судебный процесс начался 9 ноября 2007 года.
По уголовному делу в качестве подозреваемых шло 24 человека в том числе — Айдар Бектыбаев, Сергей Кошлай, Курман Акимкулов, Ерлан Сарсенбеков (бывший начальник службы безопасности банка), Олег Бекбатыров (глава АО «Атырау Ауе Жолы»), Иван Лихоузов, Виктор Сапожников, Толеген Имашев, Аскан Бекмуратов и другие.
По результатам судебного расследования 15 января 2008 г. районным судом города Алма-Аты Алиев приговорён заочно к 20 годам лишения свободы в колонии строгого режима с конфискацией имущества. К моменту начала судебного процесса Алиев перебрался в Австрию и попросил политического убежища. Его супруга Дарига Назарбаева дочь президента Казахстана Н.Назарбаева развелась с мужем ещё до вынесения приговора.
Ввиду того что бесследно исчезли сотрудники Нурбанка Жолдас Тимралиев и Айбар Хасенов, их местонахождении или тела не были обнаружены до конца процесса, Рахат Алиев не обвинялся в их убийстве, его осудили лишь по обвинению в похищении.
Указом Президента Республики Казахстан от 20 апреля 2008 года лишён наград, специального звания «генерал-майор финансовой полиции» и воинского звания «генерал-майор», а также дипломатических рангов.
Сам Рахат Алиев все обвинения в свой адрес отвергает. По его словам, он оказался в опале из-за намерения баллотироваться на пост президента Казахстана и из-за этого подвергся дискредитации со стороны казахстанских силовых структур.
Власти Австрии арестовали его, но позже отпустили под залог в один миллион евро и под подписку о невыезде. В настоящее время Казахстан добивается от Австрии экстрадиции Рахата Алиева в Казахстан.
В начале августа 2007 г федеральный суд Австрии отказал в выдаче Алиева, мотивировав своё решение тем, что он не может рассчитывать на справедливое судебное разбирательство в Республике Казахстан.
13 мая 2011 года в предгорной части пригорода Алматы были обнаружены сильно изуродованные до неузнаваемости тела в бочках . Следственные органы выдвинули версию что это трупы Жолдаса Тимралиева и Айбара Хасенова. О данном факте 17 мая 2011 года на брифинге официальный представитель генеральной прокуратуры Республики Казахстан Жандос Умиралиев сообщил :
Для проведения экспертизы трупов были привлечены специалисты из Германии, в том числе заведующий отделом судебной медицины берлинской клиники "Шарите" Михаэль Тсокос. Идентификация останков, была проведена на основании анализа ДНК. Эксперты назвали что одной из вероятных причин смерти является удушение пластиковыми пакетами, надетыми на головы жертв. Также эксперты зафиксировали на трупах следы пыток. Так как трупы были помещены в бочку с известью не удалось с достаточной точностью определить время наступления смерти.
Кроме того, Рахат Алиев подозревается в причастности к убийству бывшей казахстанской тележурналистки Анастасии Новиковой в Ливане.
С 2008 года Рахат Алиев неоднократно выступал в оппозиционной прессе, по телеканалу К+, а также радио «Азаттык». В своих выступлениях он пытался представить себя как главного оппозиционера в стране.
Рахат Алиев является автором книги «Крёстный тесть» (англ. «The Godfather-in-law»), которая была опубликована в мае 2009 года. (Издательство Literaturverlag, 532 страницы).
Данная книга была классифицирована властями Казахстана как содержащая сведения, порочащие президента Казахстана, раскрывающая тайну переписки и телефонных разговоров и разглашающая государственные секреты. При этом, однако же, по каким-то причинам содержание этой книги казахстанскими чиновниками всех уровней официально называется ложным.
Согласно сообщениям средств массовой информации Казахстана, официальный представитель Генпрокуратуры РК Сапарбек Нурпеисов 21 мая 2009 г. сделал следующее заявление:
Дела по подследственности направлены в Комитет национальной безопасности Казахстана и 16 мая 2009 были приняты ими в делопроизводство. Таким образом, книга была сразу же запрещена в Казахстане, за скачивание из интернета на территории Казахстана следует уголовное преследование, в соответствии с заявлениями Генеральной прокуратуры республики Казахстан, уголовная ответственность предусмотрена за распространение и незаконный ввоз названной книги на территорию Республики, чтение же данного материала не считается уголовным преступлением.
Ряд экспертов высказали мнение, что книга Рахата Алиева «Крестный тесть» вызвала окончательное крушение надежд на казахстанскую оппозицию.
Посольство Казахстана в Австрии ещё в марте 2008 года проинформировало МИД Австрии о том, что доверенное лицо Р.Алиева Неля Абылхожина использовала формуляр с подделанной подписью посла. Из этого следует, что Рахат Алиев и его сотрудники на регулярной основе использовали в своей работе подделки.
Чиновники Казахстана, депутаты мажилиса и другие официальные лица заявляют, что Алиев должен быть экстрадирован в Казахстан. В частности, депутат мажилиса Мурат Абенов заявил про Алиева:
При этом австрийская сторона неуклонно отвечала, что выдача не может быть проведена, так как Австрия в таком случае не может быть уверена в надлежащей безопасности Алиева и отсутствии незаконного преследования его со стороны властей Казахстана. Однако, на отношения двух стран этот инцидент не повлиял, Казахстан и Австрия продолжали динамично развивать свое сотрудничество. Экс-председатель КНБ РК Альнур Мусаев подтвердил, что все обвинения против Рахата Алиева соответствуют действительности.
Из соображений международного престижа данный скандал произошедший с участием Алиева воспринимается политиками Казахстана крайне негативно, более того многие депутаты казахстанского парламента публично требовали от президента, чтобы тот остановил этот «позор». В Казахстане считают, что Рахат Алиев на посту главы Футбольного союза Казахстана развалил казахстанский футбол.
Назарбаев признаёт, что для него лично и для всей семьи «стало огромной трагедией и болью» то, что его бывший зять, отец его троих внуков Рахат Алиев «предал не сколько свою семью, детей, но страну, перейдя границы дозволенного».
Разведён (бывшая жена — Назарбаева, Дарига Нурсултановна), имеет двоих сыновей Нурали и Айсултана, дочь Венеру, а также двоих внуков. По некоторым данным, после развода с Назарбаевой Алиев женился на Эльнаре Шоразовой, у них есть маленький сын.
Вторым браком сочетался с Эльнарой Муратхановной Шоразовой, при этом сменил фамилию, взяв фамилию супруги — Шораз.
Сват Берика Имашева.