С юности и на протяжении 18 лет работал садовником в Королевских ботанических садах в Кью под Лондоном. В 1832 г. по рекомендации своего брата Аллана Каннингема был назначен директором ботанического сада в Сиднее. В 1835 Каннингем предпринял путешествие в Новую Зеландию, где и был убит туземцами.
Каннингем участвовал во втором издании «Hortus Kewensis»; описал древесные Veronica из Новой Зеландии. Написал: «Two-years in New South Wales» (Лонд., 1828).