Руководитель (с 1904 года до смерти в 1920 году) Бюро по прикладной ботанике Учёного комитета Министерства земледелия и государственных имуществ (ныне Всероссийский институт растениеводства им. Н. И. Вавилова, Санкт-Петербург).
Сын директора Санкт-Петербургского ботанического сада Эдуарда Регеля.
Высшее образование получил в Императорском Санкт-Петербургском университете у А. С. Фаминцына, А. Н. Бекетова и Х. Я. Гоби. В 1888 году окончил университет со степенью кандидата естественных наук и был оставлен по кафедре ботаники для подготовки к профессорскому званию.
В 1889 году был командирован за границу министерством государственных имуществ для изучения садоводства и в 1890 году закончил Высшее училище садоводства в Потсдаме со степенью инженера садоводства, впоследствии приравненной к степени доктора садоводства.
Являясь единственным в России доктором садоводства, Регель был активным членом основанного его отцом Российского общества садоводства и занимался проблемами этой отрасли до своего назначения в 1904 году помощником (заместителем) заведующего Бюро по прикладной ботанике.
В 1891 году поступил в Императорский ботанический сад младшим консерватором, а с 1893 года состоял приват-доцентом в Санкт-Петербургском университете и читал курс о применении ботаники к садоводству.
В 1909 году защитил магистерскую диссертацию на тему «Ячмени с гладкими остями (монографическая обработка)» в Императорском Юрьевском университете. Эта была первая в России диссертационная работа по прикладной ботанике.
С 1900 года — сотрудник Бюро по прикладной ботанике (с 1904 года исполняющий обязанности заведующего Бюро, с 1905-го — заведующий).
При Регеле финансовое положение Бюро улучшалось год от года (с 1907 по 1914 год финансирование увеличилось более чем в 30 раз). Это позволило Бюро ежегодно увеличивать штат и расширять набор изучаемых культур: с 1907 года изучались пшеницы (К. А. Фляксбергер), с 1908-го — сорные травы (А. И. Мальцев) и овсы (Д. И. Литвинов), с 1910-го — луговые злаки и осоки (В. А. Кузнецов), с 1912-го — масличные культуры (Ф. А. Сацыперов), с 1912-го — бобовые растения (П. И. Мищенко), с 1914-го — сорго и просо (А. К. Гольбек), с 1911 года начались работы на луговых заказных участках в Лифляндии и Новгородской губернии (П. В. Кисляков), с 1915 года планировалось начать работы с огородными растениями и рожью.
Некоторые учёные работали в Бюро временно: Н. И. Вавилов (1911—1912 — по пшенице), Л. П. Бреславец (1913—1914 — по генетике), Н. Н. Кулешов и А. Г. Лорх (оба в 1914 — по пшенице, ячменю, овсу), К. Г. Ренард (1911—1912 — по ячменю).
В 1907 году из Бюро были выделены работы по изучению патогенных низших растений, прежде всего грибов, и создано Бюро по микологии и фитопатологии под руководством профессора А. А. Ячевского. С этого времени окончательно определились задачи Бюро, заключавшиеся в изучении возделываемых, а также дикорастущих полезных и сорных растений Российской империи.
С 1908 года Регель организует регулярные экспедиционные обследования и сборы местных сортов и полезных дикорастущих растений на территории России и изучение формаций дикой растительности для прикладных целей, например, в 1912 году — в Семиреченскую область, в 1913 и 1914 — в Туркестан, Бухару и Закаспийскую область.
С 1908 года Бюро стало издавать ежемесячные «Труды Бюро по прикладной ботанике» (с 1918-го — «Труды по прикладной ботанике и селекции»). Большие, с обязательным указанием новизны исследований, подробные рефераты статей, публикуемых в «Трудах…» на одном из иностранных языков, с самого начала их издания позволили наладить их регулярный обмен с изданиями 28 зарубежных учреждений. До 1914 года все резюме переводились на немецкий язык, с началом войны с Германией — на английский и французский языки.
В 1911 году Регель был членом оргкомитета 1-го съезда деятелей по селекции сельскохозяйственных растений, семеноводству и распространению семенного материала в Харькове.
В 1912 году он организовал Областной съезд по селекции и семеноводству в Санкт-Петербурге и был его председателем. На съезде «Труды Бюро по прикладной ботанике» были признаны «центральным научным органом по селекции».
В 1913 году Регель — председатель секции сортоведения на Совещании деятелей по сельскохозяйственному опытному делу в Санкт-Петербурге.
Регель принимал непосредственное участие в издании «Приложений к Трудам Бюро по прикладной ботанике». В «Приложениях» были изданы: «Опыты над растительными гибридами» Г. Менделя (1910), «Введение в экспериментальное изучение наследственности» Э. С. Бауэра (1913), «Селекция…» К. Фрувирта (1914—1915).
В 1914—1917 годах в связи с запросами военного времени Регель занимался вопросами мобилизации растительных ресурсов и рационализации ведения сельского хозяйства, в том числе организации севооборотов для борьбы с сорными травами.
Роберт Эдуардович Регель впервые поднял вопрос о желательности соглашения об употреблении терминов «вид», «разновидность», «раса или порода» и «сорт» в применении к возделываемым растениям.
Роберт Эдуардович пришёл к выводу о приуроченности рас местных сортов к тем или иным географическим районам и необходимости использования крестьянами при посеве своего, не привозного зерна; установил географическую закономерность в распространении содержания белка в зерне ячменя и пригодность азиатских форм озимого шестирядного ячменя для пивоварения.
Регелем было положено начало созданию коллекции чистых линий, позволившей Ю. А. Филипченко выполнить свои классические исследования по генетике количественных признаков мягких пшениц.
На основании результатов работ Бюро Регель полагал, что родиной культурных пшениц следует считать Малую Азию и прилегающие к этому региону страны.
Деятельность Регеля как главы прикладной ботаники в России оказала существенное влияние как на становление ботанических исследований возделываемых растений, так и на организацию селекции на научных основах.
Н. И. Вавилов писал в 1924 году:
В 1916 году Бюро по прикладной ботанике было преобразовано в Отдел прикладной ботаники и селекции Сельскохозяйственного учёного комитета.
В 1912 году Регель обосновал идею о популяционной структуре вида. В качестве элементарной единицы им выделялся «формационный вид», определяемый как совокупность генетически обусловленных форм, существующих в одном и том же локальном местообитании. Растительные формы, одинаково приспособленные к условиям заселяемого ими местообитания, имеют определённый, более или менее одинаковый приспособительный фенотип, что позволяет выделять их в особый (формационный) вид.
Основная чисто ботаническая работа Регеля — описание флоры Озёрного края — так и не была завершена; он также не успел завершить начатый в 1914 году определитель ячменя, хотя к 1915 году к 13 ранее известным его разновидностям им было вновь выделено ещё 54.
В 1918—1919 годах Регель продолжал занятия ботаникой: на заседании Русского географического общества прочитал доклад «Флористические районы Озёрного края».
Летом 1919 года покинул голодный Петроград и уехал к семье в деревню.
20 января 1920 года Роберт Эдуардович Регель умер от сыпного тифа.