Купер начал карьеру сценариста в серии фильмов, первым из которых был Гонимые ветром. Он вступил в экипаж Пси Фактор: Хроники паранормальных явлений как редактор, пока он не был назначен автором сценария в 1996 году, где он работал до переезда в Звёздные врата: SG-1 в 1997 году.
Работая над Звёздными вратами: SG-1 Купер написал 52 эпизода. Купер стал одним из исполнительных продюсеров телесериала в 4 сезоне. Он сыграл камео в эпизоде пятого сезона Звёздных врат: SG-1 «Экстрим в червоточине!».
Купер был ответственным за создание большей части предыстории телесериала Звёздные врата: Вселенная. Купер создал Древних, расу, которая построила Звёздные врата. Он также разработал идею союза четырёх рас, хотя две из них были придуманы другими сценаристами (Ноксов и Азгард созданы Харт Хансон и Катарин Пауэрс).
В декабре 2003 года было объявлено, что Купер и Брэд Райт работают над спин-оффом Звёздных врат: SG-1 Звёздные врата: Атлантида.
Как режиссёр, он дебютировал в эпизоде девятого сезона Звёздных врат: SG-1 «Крестовый поход». В премьерном эпизоде десятого сезона «Плоть и кровь» дочь Купера Эмма сыграла четырёхлетнюю Адрию. Позже в эпизоде десятого сезона «Талион» в начале сцены его старшая дочь Меган Элизабет Купер играла девушку-Джаффа. После завершения десятого сезона SG-1 Купер написал сценарий для фильма Звёздные врата: Ковчег правды.
После завершения Звёздных врат: Атлантида Купер и Брэд Райт создали ещё один спин-офф — Звёздные врата: Вселенная, премьера которого состоялась 2 октября 2009 года.
Из пятнадцати кандидатур Купер получил четыре награды: