Бонано дебютировал в его родной стране, в клубе «Росарио Сентраль» и «Ривер Плейт», выиграв несколько титулов с последним. В 2001, когда ему был 31 год, он подписал контракт с «Барселоной»; он дебютировал в Ла Лиге 26 августа, в матче против «Севильи», который «Барселона» выиграла 2:1. После появления Виктора Вальдеса из команды молодёжи Бонано считали считать лишним, и он переехал в «Реал Мурсию», а затем в «Алавес». Он завершил свою карьеру в 2008 году, в возрасте 38 лет.
Бонано представлял Аргентину на различных молодёжных уровнях. Он дебютировал 28 декабря 1996 года, в товарищеском матче с Югославией. Он был впоследствии отобран для чемпионата мира 2002 как резервный вратарь, но в итоге сыграл 13 полных матчей.