Всю карьеру провёл в Запорожье. 12 лет, с 1987 по 1999 год отыграл в команде «Торпедо» (Запорожье). В этой команде он был лидером атак и одним из лучших бомбардиров. В советский период выступал во второй лиге СССР. В 1990 выиграл вторую низшую лигу СССР.
С 1992 по 1998 год выступал в Высшей лиге Украины. Сезон 1998-1999 провёл в первой лиге. Свой последний сезон в карьере провёл в команде Высшей лиги «Металлург» (Запорожье).
В 1998 Бондаренко принял приглашение Пожечевского выступить за сборную Туркмении на Азиатских играх в Таиланде. В итоге, он сыграл несколько игр, вышел вместе с командой в 1/4 турнира. Больше за сборную не играл.
Всего в чемпионатах провёл 456 матчей, забил 112 голов. В чемпионатах СССР 194 матча, 50 голов. В Высшей лиге Украины 231 матч, 54 гола. Первой лиге 31 матч, 8 голов. Известно, что Роман Бондаренко не давал интервью журналистам.