Ромен Бейнье воспитанник клуба «Олимпик Арбресль». В 2001 году он перешёл в «Лион». В 2005 году он дебютировал в основном составе команды, выйдя на замену на 90-й минуте матча Лиге Чемпионов с «Русенборгом». В 2008 году Бейнье был отдан в аренду в бельгийский клуб «Тюбиз», вышедшему в Лигу Жюпиле, для того, чтобы набраться игровой практики. Бейнье провёл за клуб 24 матча из 34 гр чемпионата, однако не смог помочь команде, котоаря заняла предпоследнее место и вылетела во второй дивизион. В июле 2009 года Бейнье прошёл просмотр в клубе Тур, но неудачно. 1 февраля 2010 года Бейнье перешёл в клуб «Геньон».