Родился в деревне Шостаково в Гродненской губернии в семье Людвика Траугутта и Алёйзы из Блоцких. В 1836 поступил в гимназию в Свислочь, которую окончил в 1842 году с серебряной медалью. Поступил на службу в российскую армию. Участвовал в венгерской кампании 1848 года. Был награждён орденом св. Анны 2-й степени.
25 июля 1852 женился в Варшаве на Анне Пикел. Во время Крымской войны участвовал в укреплении Силистрии и обороне Севастополя. 26 июня 1857 произведен в штабс-капитаны и назначен адъютантом штаба армии.
В 1860 году умерли жена, младшая дочь и младший сын Ромуальда. 14 июня 1862 года вышел в отставку в чине подполковника.
Когда в январе 1863 началось польское восстание Траугутт поначалу оставался в стороне от борьбы. Только в мае 1863 принял командование партизанским отрядом в лесу около Кобрина. В июле 1863 прибыл в Варшаву. Постепенно взял под контроль подпольные структуры и был провозглашен диктатором. Ночью 10/11 августа 1864 был арестован вместе с несколькими помощниками. Находился в заключении под судом в Варшавской цитадели. Приговорён к смертной казни через повешение, и повешен вместе с другими членами польского подпольного правительства, в том числе с Романом Жулиньским. До сих пор неизвестно, где он захоронен. Высказывались предложения о его беатификации.