Воспитанник казанской команды «Электрон». Первый тренер — Ильдар Яруллович Гибадуллин.
Выступал за «КамАЗ» Набережные Челны (1992—1994). При уходе из «КамАЗа» к Нигматуллину были претензии со стороны местных криминальных структур, но все вопросы удалось благополучно решить.
В московский «Спартак» пришел в 1995 году, заключил контракт до 2000 года. Однако с ходу занять место в основе не сумел — как сам признавался, из-за психологических проблем. Все это приводило к невынужденным ошибкам в ответственные моменты игр. Основным вратарем так и не стал, и по окончании сезона 1997 перешел в «Локомотив» Москва, где играл в 1998—2001, 2003—2004 годах.
Играл за «Верона» Италия (2002), ЦСКА Москва (2002), «Салернитана», Италия (2003), «Терек» Грозный (2005).
В конце 2005 года завершил карьеру. На протяжении 2,5 лет занимался бизнесом и спортивной журналистикой.
27 мая 2008 года объявил о возвращении в большой футбол. После просмотров в нескольких клубах Нигматуллин решил заключить контракт с ростовским СКА, игравшим тогда в Первом дивизионе.
По окончании сезона 2008 подписал контракт с «Анжи», но, так и не сыграв ни единого матча за дагестанцев, подписал 20 марта 2009 года контракт с командой «Локомотив-2», выступающей во Втором дивизионе и являющейся фарм-клубом ФК «Локомотив» Москва. В «Локомотиве-2» Нигматуллин играл попеременно с Александром Криворучко, заявлял, что надеется вернуться в основную команду.
9 июля 2009 года «Локомотив-2» и Нигматуллин по обоюдному согласию расторгли контракт. Затем играл за израильский клуб «Маккаби Ахи», с которым подписал контракт на год.
11 ноября 2009 года Руслан Нигматуллин принял решение завершить карьеру.
В данный момент известен как диджей.