Родился и проживал в райцентре Шали. Работал на Шалинском заводе железобетонных изделий, затем служил в Западной группе советских войск на территории ГДР в танковых частях. После окончания срочной службы окончил школу прапорщиков и до 1992 года служил прапорщиком в Западной группе войск. В 1992 году Алихаджиев вернулся в Грозный. Учился в Грозненском нефтяном институте, одновременно служил командиром ремонтного батальона в Шалинском танковом полку Вооруженных сил ЧРИ. До 1995 года активного участия в политической жизни не принимал. В ноябре 1994 года во время попытки формирований оппозиционного Временного Совета ЧР захватить Грозный был назначен и. о. командира танкового полка.
После ввода российских войск на территорию Чечни в декабре 1994 года стал полевым командиром. Организовал отряд в несколько сот человек, в который вошли в основном выходцы из Шали и Шалинского района («Шалинский полк»). С февраля 1995 года являлся командующим Южным фронтом, затем — командующим Агиштинским фронтом. Был представителем Президента ЧРИ Джохара Дудаева в штабах Восточного и Ножай-Юртовского направлений, командующим Шалинским направлением. Во время захвата Грозного в августе 1996 года занимал пост командующего Ленинским направлением (в Ленинском районе Грозного). Получил звание бригадного генерала.
В феврале 1997 года избран депутатом Парламента ЧРИ от Шали. 17 марта 1997 года на первом заседании Парламента 2-го созыва избран Председателем Парламента ЧРИ (получил голоса 39 из 43 депутатов). В связи с изданием президентом ЧРИ Асланом Масхадовым указа № 39 от 3 февраля 1999 года «О введении полного шариатского правления на территории Чеченской Республики Ичкерия» Парламент был лишен законодательных функций. Начавшийся таким образом конфликт был разрешен через некоторое время — Парламент отменил указ о лишении его законодательных функций. Однако само введение «полного шариатского правления» в целом было поддержано. В частности, говоря о возможности совмещения шариата и республиканской формы правления, Алихаджиев отметил:
17 мая 2000 года Алихаджиев был задержан в собственном доме в Шали. 25 мая о задержании Алихаджиева на пресс-конференции заявил первый заместитель начальника Генерального штаба генерал-полковник Валерий Манилов. 22 сентября 2000 года на слушаниях в Государственной Думе заместитель генерального прокурора РФ Юрий Бирюков заявил, что Алихаджиев был похищен бандформированиями и убит. В связи с этим в июле 2000 года было возбуждено уголовное дело прокуратурой Шалинского района Чеченской Республики по статье 126 УК РФ (похищение человека), однако в апреле 2001 года приостановлено. Родственниками подана жалоба в Страсбургский суд. 5 июля 2007 года Страсбургский суд по «делу Алихаджиева против России» признал, что Алихаджиев был задержан у себя дома российскими войсками и должен считаться погибшим, так как со времени его ареста о нём не было никаких новостей.