С 1924 года работал председателем Дуван-Мечетлинского волостного и Месяутовского кантонного исполкомов. С 1930 года председатель исполкома мечетлинского районного совета. С 1931 года заместитель директора, директор Зигазино-Комаровской геологоразведочной базы. В 1936 году окончил промышленную академию в городе Свердловске. С 1936 года мастер, начальник цеха, управляющий Баймакским медеплавильным заводом. с 1939 года заведующий отделом Башкирского областного комитета ВКП(б). В 1940—1946 годы Председатель СНК БАССР. В 1946—1953 Первый секретарь Башкирского обкома КПСС. В 1953—1960 работал в производственном объединение «Башнефть» и Башкирского СНХ.
В Уфе на доме, где жил С.А. Вагапов (проспект Ленина, 84), установлена мемориальная доска. В селе Дуван-Мечетлино Мечетлинского района именем Вагапова названа улица и установлен памятник.