В 1933 году при родах умерла жена Флексора Татьяна Яблокова. Эта трагедия повлекла за собой творческий и экзистенциальный кризис: в том же году Флексор принял католичество и некоторое время не занимался живописью. Когда же он вновь начал рисовать, в его работах появились явственные религиозные мотивы. Отношения художника с семьёй в этот период резко охладились и материальное положение ухудшилось.
В 1939 году Флексор женился вторым браком на Магде Межичер, в том же году родился его первый сын и он восстановил отношения с семьёй. Уже в следующем году отец приобрёл для него дом в Нормандии, где после кратковременного участия в движении сопротивления, художник уединился с семьёй и провёл все военные годы.
После войны оставаться во Франции Флексору уже стало не по душе. В 1946 году он впервые посетил Бразилию, а весной 1948 года насовсем покинул Францию и поселился в Сан-Паулу. С переездом в Бразилию реализм полностью исчез из работ художника; всё дальнейшее его творчество было абстрактно.
Единственным исключением из целиком абстракционистского творчества художника в Бразильский период были фрески, выполненные им в 1948 году для церкви Nossa Senhora de F?tima и в 1958—1960 годах для церкви Nossa Senhora do Perp?tuo Socorro в Сан-Паулу.