Сандзё Санэтоми родился в семье внутреннего министра (яп. ???) Сандзё Санэцуму. Во время кризиса сёгуната Токугава Сандзё выступал на стороне императора. После отставки Токугавы Ёсинобу и упразднения системы сёгуната Сандзё занимал ряд важных постов в имперском правительстве, включая посты правого (яп. ???) и главного министров (яп. ????).
В 1882 году Сандзё стал кавалером Высшего ордена Хризантемы, а 7 июля 1884 года ему был присвоен титул князя — высший по системе кадзоку.
После административной реформы, проведенной Ито Хиробуми в 1885 году, Сандзё стал первым министром-хранителем печати Японии.
В 1889 году, после отставки правительства Куроды Киётаки император принял отставку и пригласил Сандзё Санэтоми возглавить правительство на несколько месяцев. Однако на сегодняшний день правительство Сандзё обычно рассматривается как продолжение правительства Куроды.