Родилась в Леувардене, дочь местного бургомистра, адвоката и учёного, знатного горожанина Ромбертуса ван Эйленбурга. В семье было восемь детей, из них четверо дочерей, Саския — самая младшая.
В двенадцать лет лишилась матери, ещё через пять лет — отца. В возрасте 21 года она приезжает в Амстердам в гости к кузине Алтье, которая была замужем за проповедником Иоганном Корнелисом Сильвиусом. Он был знаком с Рембрандтом, который в 1633 году создал офорт с его портретом. По-видимому, там и познакомились Рембрандт и Саския. 10 июня 1634 года они обвенчались в амстердамской церкви Аудекерк, свидетелем был Иоганн Корнелис Сильвиус. На церемонии присутствовали кузен Саскии Хендрик ван Эйленбург с женой Марией ван Эйк и сестра Саскии Тиция с мужем.
В 1639 году Рембрандт смог приобрести новый дом на улице Синт-Антонисбрестрат за 13 000 гульденов, куда и переехал вместе с женой (ныне там расположен Дом-музей Рембрандта). Трое их детей (Ромбертус и две Корнелии) умерли вскоре после рождения. 22 сентября 1641 года был крещён их сын Титус. В следующем году Саския скончалась в возрасте 30 лет (вероятно, от туберкулёза) и была похоронена в Аудекерке.
«Смеющаяся Саския» (1633, Дрезден).
«Cаския в красной шляпе» (1633/1634, Кассель).
«Флора» (1634, С.-Петербург).
«Блудный сын в таверне» (1635, Дрезден).
«Портрет Саскии в образе Флоры» (1641, Дрезден).