Футболу учился в местной ДЮСШ. Когда ему было лет 15, школа из-за финансовых неурядиц практически прекратила своё существование, тренеры разъехались по другим городам. Но с футболом он не расстался. Самых талантливых ребят взяла под опеку республика. В составе юношеской сборной Узбекистана участвовал в многочисленных на то время турнирах. Позже непродолжительный период поиграл в наманганском «Навбахоре» и «отслужил» в армии за самаркандское «Динамо».
В 1992 году перешёл в симферопольскую «Таврию», как и многие игроки выходцы из Средней Азии. В составе «Таврии» Алибаев дебютировал в 1992 году, принесшем симферопольской команде титул первого чемпиона Украины.
Покинув в 1994 году «Таврию», Алибаев поиграл ещё в чемпионате России в составе «Уралмаша» из Екатеринбурга и в родном «Навбахоре» в Узбекистане.
В настоящее время Сефер — один из самых успешных футбольных агентов Украины. Как футбольный агент, Алибаев ведёт дела ряда известных футболистов.