Родился в деревне Екатериновке ныне Юхновского района Калужской области, в семье плотника.
В 1929 году окончил школу фабрично-заводского ученичества, работал слесарем на Подольском механическом заводе имени М. И. Калинина. Окончил индустриальный техникум в Подольске.
В 1931 году поступил в институт повышения квалификации инженерно-технических работников на базе Московского машиностроительного института.
С 1932 года являлся членом ВКП(б).
В 30-х годах работал в Щербинке, Подольске.
С сентября 1934 года в Военно-Морском Флоте.
В 1936 году окончил Ейское военно-морское авиационное училище, в которое поступил по спецнабору.
Участвовал в советско-финской войне, награждён орденом Красной Звезды и отмечен медалью «За отвагу».
Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Воевал на Балтийском море.
В августе 1942 года переведен на Северный флот командиром эскадрильи 29-го бомбардировочного авиаполка (5-я минно-торпедная авиадивизия, ВВС Северного флота). Совершил 55 боевых вылетов. Потопил эсминец, 3 лично и 2 в группе вражеских транспорта, уничтожил 8 самолётов противника. Первым на Северном Флоте совершил ночной полет на Пе-2.
18 сентября 1943 года Лапшенков был назначен командиром авиаполка.
21 сентября 1943 года Лапшенков на учебном Пе-2 был атакован неожиданно появившимися немецкими истребителями. Горящий самолёт упал недалеко от своего аэродрома. Семён Васильевич умер через шесть часов в госпитале от сильнейших ожогов.
Похоронен на военном кладбище города Североморска.