С. П. Меркулов родился 10 августа 1903 года в селе Казаки (ныне Елецкий район Липецкой области) в крестьянской семье. Русский.
Окончил церковно-приходскую школу в 1915 году и с 12 лет батрачил, помогая содержать родителям семью.
В 1925 году был призван в Красную Армию. Окончил полковую школу. Затем принимал участие в советско-финляндской войне 1939—1940 годов, где командовал полком. Член ВКП(б)/КПСС с 1929 года.
С июля 1941 года принимает участие в Великой Отечественной войне. Командовал стрелковым полком, а с 31 июля 1942 года — 304-й стрелковой дивизией (1-го формирования), которая 21 января 1943 года за боевые отличия в Сталинградской битве была преобразована в 67-ю гвардейскую стрелковую дивизию.
Соединения и части 47-го стрелкового корпуса (40-я армия, Воронежский фронт) под командованием генерал-майора Меркулова в октябре 1943 года форсировали Днепр южнее Киева, вели упорные бои за Букринский плацдарм и удержали его.
После войны служил в вооруженных силах СССР.
С апреля 1960 года генерал-лейтенант Меркулов С.П. — в запасе.
Умер 22 июня 1966 года. Похоронен в Липецке на Евдокиевском кладбище.