Родился в Ленинграде в семье физиков. В 1982 году создал юношеский театр и поставил в нём несколько спектаклей. В 1986 году поступил в Красноярский государственный институт искусств на факультет «Актер драмтеатра и кино» в мастерскую Калиновского. В 1987 году поступил на службу в армию на Дальнем Востоке в ракетные войска стратегического назначения. Создал там Театр Армии, поставил три спектакля.
В 1989 году вернулся из армии и закончил актёрский курс у профессора театрального училища им. Щукина Леонида Калиновского в 1992 году, поставил на курсе спектакль по Е.Шварцу «Тень», где исполнил роль Тени. В 1992—1993 годах снимался в кино у режиссера В.Ахадова (снимался в фильмах «Личная жизнь королевы» и «Я обещала, я уйду») и полгода проработал в его театре в Магнитогорске. В 1994—1995 годах перешел в Челябинский академический драматический театр им. Цвиллинга.
В 1995 году приехал в Москву и поступил в РАТИ-ГИТИС, в мастерскую профессора Марка Захарова, которую окончил в 2000 году, получив режиссерский диплом с отличием. Он учился на одном курсе с Дмитрием Дюжевым, Олесей Железняк, Сергеем Фроловым, Екатериной Волковой и многими другими. Во время учёбы Алдонин поставил со своими однокурсниками спектакль «Мастер и Маргарита», который после 50-ти успешных показов в самом ГИТИСе и на различных фестивалях был включён в постоянный репертуар театра им. Станиславского. После окончания ГИТИСа Сергей стал активно работать на телевидении. Сергей Алдонин стал главным режиссёром — постановщиком известной программы «Золотой граммофон», а также главным режиссёром «Русского радио». Сейчас Сергей продолжает параллельно с театром заниматься телевидением. В данный момент он стал одним из ведущих режиссёров телеканала «СТС», на котором он снимает сериал «Папины дочки» и развлекательно-юмористическую программу в стиле «импровизация» — «Слава Богу, ты пришёл!».
В 2004 году совместно с А. С. Леньковым возглавил актёрский курс во ВГИКе (Всероссийский Государственный Университет Кинематографии им. С. А. Герасимова). На этом курсе он вместе со своими студентами создал спектакль на основе снов и фантазий по известной пьесе У.Шекспира «Ромео&Джульетта». Премьера этого спектакля состоялась в 2007 году на сцене Московского Драматического Театра им. Станиславского, когда его ребята были ещё студентами. Такое на профессиональной сцене бывает достаточно редко. Спектакль идёт по сей день в Театре Станиславского и выпускники его мастерской активно играют в других его спектаклях.
«На бойком месте» Александра Островского
«Мастер и Маргарита», по мотивам сюжета и черновикам романа Михаила Булгаков (лауреат конкурса в ГИТИСе, лауреат фестиваля им. В.Высоцкого, лучший режиссерский дебют в конкурсе газеты Московский комсомолец (лауреат конкурса в ГИТИСе, лауреат фестиваля им. В.Высоцкого, лучший режиссерский дебют в конкурсе газеты Московский комсомолец, лауреат фестиваля «Театральная площадь»). Исполнял роль Фагота-Коровьева, в последствии стал играть Воланда. В 2002 году выходит новая версия спектакля для большой сцены (совместный проект с Московским драматическим театром им. К. С. Станиславского) — один из самых аншлаговых проектов в Москве на сегодняшний день.
Первая постановка на московской сцене состоялась в 2001 году: «Севильский цирюльник», по Пьеру Бомарше, на сцене Российского академического молодежного театра (РАМТ)/
2002 — «Зимняя сказка» (Челябинский академический драматический театр)
2003:
2004:
2005:
2006
2007
2009 «Деревенская комедия»
2007 — 2010 — «Папины дочки»
2006 — «Папа на все руки»
2009 — «Слава богу, ты пришел!»