Родился в Гомеле (по официальным данным, а на самом деле в деревне Светиловичи Ветковского района Гомельской области). Отец - Балахонов Александр Лаврентьевич. Мать - Балахонова Светлана Андреевна. Окончил гомельскую среднюю школу № 49 с углублённым изучением немецкого языка (1994), исторический факультет Гомельского государственного университета (1999). В 2000 г. проходил срочную службу во внутренних войсках Республики Беларусь. С 2001 г. работает учителем истории и обществоведения в Гомеле. Не женат.
Зрелое литературное творчество началось в 1992 году. Однако все произведения, написанные до осени 1998 года, нигде не публиковались. Среди их сборники стихов «Сонцавароты» («Солнцевороты»), «Брама сталасьці» («Врата зрелости»), «Мой беларускі…» («Мой белорусский…»), «Дваццатае вока вясны» («Двадцатое око весны»), «Паляваньне на тэкст» («Охота на текст»), неоконченные эпические поэмы «Прывітаньне, мая каханая» («Здравствуй, моя любимая») и «Алесь Гальшэўскі» («Алесь Гольшевский»), несколько фантастических рассказов и повесть «Іх спаткала нявосень» («Их встретила неосень»).
Первые публикации появились осенью 1998 года в самиздате «Сымболь» (Минск, редактор Вадим Карцев) и параллельно в газетах «Наше слово» и «Наша Нива». С той поры на страницах «Нашей Нивы» публиковались его дневниковые произведения, ряд обработанных городских легенд «Die modernen Sagen» («Современные саги»), очерки, исторические мистификации, стихи, музыкальные рецензии и прочее.
В 1999-2000 гг. ряд текстов С.Балахонова печатались в газете гомельского Объединения белорусских студентов «ЗуБаСьцік». С того же времени и до 2001 г. писатель имел творческое сотрудничество с гомельской молодежной газетой «Undergroўnd» (редактор Кастусь Гусаров), на её страницах был опубликован рассказ-трилогия «Мажджаліна» (под псевдонимом Сяргей Лобан).
В 2001 году Балахонов дебютировал на страницах белорусского журнала «ARCHE» с произведением «Сьмерць лютністы» ("Смерть лютниста"), в аннотации к которому автора впервые связывают с постмодернизмом. В дальнейшем писатель выявляет себя апологетом постмодернизма, ведя полемику с критиком литературы Данилой Жуковским.
В 2005 году состоялся дебют в зарубежной периодике: в чешском журнале «Host» была размещена его литературоведческая статья «N?kdo tam je, aneb Rozcest? nove b?lorusk? literatury». В конце 2005 года в издательстве Игоря Логвинова была издана первая книга писателя — сборник прозы «Имя груши», который в начале 2007 г. был включен в шорт-лист претендентов на получение литературной премии «Глиняный Велес — 2006».