В 1960-е годы Сергей Муратов работал обозревателем в газете "Советская культура" и журнале "Журналист". С 1968 года преподаёт на кафедре телевидения факультета журналистики МГУ. Читает лекции для студентов МГУ, слушателей Высших курсов сценаристов и режиссеров, Института повышения квалификации работников телевидения, студентов Российского государственного гуманитарного университета и Института современного искусства. Участник международных научных конгрессов и фестивалей по телевидению и документальному кино в США, Великобритании и Германии. Входил в число постоянных членов и организаторов авторитетного международного семинара кинодокументалистов (Рига, Латвия). Автор более полутора десятков книг, учебных пособий и программ по проблемам телевидения, медиаобразования. Ему принадлежит свыше 400 публикаций в теоретических сборниках, а также российских и зарубежных научных журналах.