Сергей Рудницкий родился 19 апреля 1955 года в селе Павловская Слобода Московской области.
Первые годы жизни провёл в Красноярске, жил там до трёх лет. До семилетнего возраста жил у бабушки в деревне.
В 1974 году Сергей Анатольевич начал сотрудничество с Театром имени Ленинского комсомола (впоследствии — «Ленком») как участник рок-группы «Аракс»; играл на клавишных инструментах.
С 1974 года начал работать как продюсер и аранжировщик музыки многих известных музыкальных групп. Создавал аранжировки ко многим кинофильмам, таким как «31 июня», «Узнай меня», «Берегите женщин», «Звезда и смерть Хоакина Мурьеты», «Убить дракона», и другим.
В 1979 году вместе с Геннадием Гладковым написал музыку к спектаклю «Жестокие игры» А. Арбузова театра «Ленком».
В 1988 году Сергей Анатольевич — автор адаптации музыки М. Глуза, которая была написана к спектаклю «Поминальная молитва».
В начале 1990-х годов Сергей Рудницкий организовал запись альбома группы «Аракс» с программой песен 1980-х годов.
Сергей Рудницкий выстроил и аранжировал музыкальное оформление к спектаклю театра «Ленком» «Безумный день, или Женитьба Фигаро». Первой самостоятельной работой Сергея Анатольевича как театрального композитора было написние музыки к «Чайке» А. П. Чехова.
Сергей Рудницкий является автором и аранжировщиком музыки к спектаклям «Варвар и еретик», «Две женщины», «Мистификация», «Шут Балакирев», «Ва-банк», композитором церемоний «Кинотавр» (1995), «Тэфи-97», аранжировщиком музыки к фильму Александра Абдулова «Бременские музыканты & Со» (2000), композитором фильма Игоря Шавлака «Парижский антиквар» (2001) и музыкальным руководителем фильма Сергея Урсуляка «Неудача Пуаро» (2002).
Имеет высшее образование.
Играет на клавишных в «Араксе» театра «Ленком», а также иногда участвует в концертах «классического» «Аракса».
Женат, имеет троих детей. В 2012 году ему было присвоено звание Народного артиста РФ.