В 2004—2005 годах был директором департамента международных финансовых отношений, госдолга и государственных финансовых активов Министерства финансов РФ. В 1998—2004 годах занимал должность заместителя председателя Внешэкономбанка. С ноября 2007 года находится под следствием по обвинению в покушении на хищение денежных средств из госбюджета РФ в особо крупном размере путем мошенничества и злоупотреблении должностными полномочиями.
Вечером 21 октября 2008 года, пробыв под стражей 11 месяцев в СИЗО «Лефортово», вышел под подписку о невыезде: Следственный комитет при прокуратуре (СКП) РФ, завершив следствие по его делу, принял решение об изменении меры пресечения Сторчаку и другим фигурантам дела «в связи с тем, что расследование дела завершено и обвиняемые, находясь на свободе, уже никак не могут повлиять на результаты следствия».