Обычно указывается, что по национальности С. Х. Аганов русский. После 1990 года в армянской литературе часто указывается, что он армянин (Оганян). После средней школы работал на Московском электрокомбинате, был бригадиром сборочной бригады. В Красной Армии с 1938 года. Окончил Московское военно-инженерное училище в 1940 году. Принимал участие в боях советско-финской войны в должности командира сапёрного взвода. С марта 1940 года командовал сапёрной ротой, затем был начальником школы младших командиров сапёрной бригады Ленинградского военного округа.
В Великой Отечественной войне участвовал с июня 1941 года. Командовал сапёрной ротой, с октября 1941 года — адъютант старший (по современной терминологии соответствует должности начальника штаба) сапёрного батальона, с февраля 1942 года — заместитель командира мотоинженерного батальона, с апреля 1942 года — помощник начальника штаба инженерных войск 54-й армии. Воевал на Ленинградском и Волховском фронтах.
В ноябре 1942 года отозван с фронта для дальнейшей службы в штабе инженерных войск РККА. Служил помощником, затем старшим помощником начальника оперативного отдела. В составе группы представителей Ставки Верховного Главнокомандования неоднократно выезжал в действующую армию. Оказывал помощь войскам в организации инженерного обеспечения операций на Юго-Западном, Брянском, Воронежском, 3-м Белорусском, 1-м Прибалтийском и 2-м Прибалтийском фронтах. Член ВКП(б) с 1942 года.
После войны продолжал службу в штабе инженерных войск Советской Армии, был старшим офицером отдела. В 1950 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. С 1951 года — заместитель начальника отдела, с января 1952 года — начальник отдела штаба инженерных войск Советской Армии. В 1955 году окончил Военную академию Генерального штаба.
С ноября 1955 года служил в войсках — начальник инженерных войск 8-й гвардейской армии в Группе советских войск в Германии. Затем переведён на преподавательскую работу и в августе 1960 года был назначен старшим преподавателем, а в декабре 1963 году — заместителем начальника кафедры Военной академии Генерального штаба. С января 1967 года — начальник инженерных войск Группы советских войск в Германии. С января 1970 года — заместитель начальника инженерных войск Министерства обороны СССР. С апреля 1974 года — начальник Военно-инженерной академии имени В. Куйбышева.
С 1975 года — начальник инженерных войск Министерства обороны СССР. Уделял большое внимание улучшению организационной структуры инженерных войск и их техническому оснащения, выработке эффективных способов инженерного обеспечения боевых действий войск, подготовке инженерных кадров. Внёс большой вклад в организацию и осуществление мероприятий по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Воинское звание маршал инженерных войск присвоено 7 мая 1980 года.
С февраля 1987 года — в Группе генеральных инспекторов Министерства обороны СССР. С 1992 года — в отставке. Жил в Москве. Похоронен на Троекуровском кладбище.