Сергей Шипов родился 17 апреля 1966 года в городе Муром, Владимирская область. В начале 70-х переехал со своей семьёй в город Киржач, где долгое время занимался в шахматном кружке. В 1979 году поступил в спортивный интернат в Москве. С 1983 по 1989 год учился на физическом факультете МГУ. В 1989—1991 годах работал в Институте проблем химической физики (ИПХФ РАН), город Черноголовка, Московская область.
В 1992 году выполнил норму международного мастера, а в 1996 году получил звание международного гроссмейстера. В 1998 году в Санкт-Петербурге Сергей Шипов завоевал титул вице-чемпиона России.
На настоящий момент Сергей Шипов является автором двух книг: «Последняя интрига века» (2000, в соавторстве с Я. Дамским) и «Ёж» (2004).
С 1999 года живёт и работает в Москве.