В составе «Архентинос Хуниорс» Батиста стал двукратным чемпионом Аргентины и победителем Кубка Либертадорес. Поколение игроков этого клуба 1980-х годов является золотым для «красных жуков» — ни до ни после команда не выигрывала значимых трофеев как в Аргентине, так и на международной арене, оставаясь традиционным поставщиком кадров для более сильных клубов за счёт своей великолепной академии — и среди этих игроков Батиста играл одну из ключевых ролей. После того, как Батиста уже стал чемпионом мира в составе сборной, он перешёл в «Ривер Плейт» и выиграл ещё один чемпионат страны в сезоне 1989/1990. Завершил карьеру Батиста в 1999 году в клубе «Олл Бойз».
В 1985—1990 годах Батиста выступал за сборную Аргентины. За этот период он по два раза участвовал в чемпионатах мира (1986 — чемпион, 1990 — вице-чемпион) и Кубка Америки (1987 — 4-е место и 1989 — 3-е место).
Сразу после завершения игровой карьеры стал тренировать уругвайский клуб «Белья Виста». Также он тренировал родной «Архентинос», «Нуэва Чикаго», «Годой-Крус». Но высшего достижения Батиста добился в 2008 году, выиграв со сборной Аргентины Олимпийские игры в Пекине. На должность тренера олимпийской сборной Батисту назначили в конце 2007 года. 2 ноября 2010 года Ассоциацией футбола Аргентины назначен на пост главного тренера сборной до 2014 года, будет готовить сборную для поездки на Чемпионат мира по футболу 2014 в Бразилию.