Родился в Ленинграде 22 июня 1963 года, причём по странному совпадению, в 4 часа утра. Родители были людьми, не имеющими никакого отношения к кино (мать — инженер-конструктор, отец — служащий жилищной системы).
В кино попал, что называется, с улицы. По радио было передано сообщение о том, что на «Ленфильм» приглашаются дети для пополнения актёрской картотеки. Дебютом Серёжи стала снятая «Леннаучфильмом» 12-минутная короткометражка «Мальчик и машина», которая сегодня канула в лету. Зато уже в 1973 вышла другая получасовая лента «Где это видано, где это слыхано» по рассказу Виктора Драгунского, где Серёжа сыграл Дениса Кораблёва. Этот фильм принёс Серёже славу, так сказать, в детских кругах, но зато уже следующая картина «Дорогой мальчик», снятая по пьесе Сергея Михалкова, прославила его на весь Союз, так как этот фильм стал чем-то вроде первого отечественного боевика. Собственно уже тогда актёрская карьера стала тяготить мальчика. В первую очередь из-за славы, потому что он считал, что работа актёра — это «жизнь напоказ». Так получилось, что после выхода «Где это видано, где это слыхано» Серёжу перевели в ту школу, где снимался фильм. Тамошние учителя, дабы не внушать ему никакого превосходства, не давали мальчику никаких поблажек и отчитывали по любой причине. Впоследствии это помогло, когда после «Дорогого мальчика» у Серёжи на некоторое время проснулась «звёздная болезнь».
После окончания съёмок в «...Джельсомино» увлёкся математикой, поступил в Ленинградский технологический институт на изучение холодильной промышленности. После института служил офицером в армии на Кольском полуострове на дефицитной специальности "начальник продовольственной службы полка", затем работал в известной ленинградской торговой фирме «Гастроном» под руководством Бориса Бринбойна. В 80-х годах, когда пришло время кооперативов, создал свою компанию «Холодильный сервис». Сегодня Сергей Крупеников возглавляет одну из питерских фирм, занимающихся холодильным оборудованием. Живёт в Санкт-Петербурге. Женат, есть сын.