Мацумото родился в городе Кокура, префектура Китакюсю. Его настоящее имя — Киёхару Мацумото, «Сэйтё:» — китайско-японское чтение символов его имени. Родился в простой семье и был единственным ребёнком своих родителей. После окончания школы поступил на работу в компанию, оказывающую коммунальные услуги.
Участвовал в литературном кружке металлургического завода Явата Сэйтэцу. В юности читал много революционных брошюр. Был сторонником левого движения, сотрудничал с журналами «Левый фронт» и «Боевое знамя». В связи со своей деятельностью был арестован в 1929 году и помещён в тюрьму города Окура.
До того, как посвятить себя литературе, сменил немало профессий. В частности, работал дизайнером рекламных объявлений в газете Asahi Shinbun. Работу в газете прервала Вторая мировая война. В составе медицинского батальона Мацумото служил в Корее. После окончания войны он вернулся в газету, а 1950 году перевелся в редакцию в Токио.
Несмотря на то, что Мацумото не получил ни специального, не высшего профессионального образования, он прекрасно писал.
Первые произведения Мацумото появились в 1950-х годах, первые детективные романы появились в 1955 году. Литературный дебют Мацумото был высоко оценен в Японии и в 1956 году завоевал литературную премию Клуба писателей детективного жанра, учреждённую Эдогавой Рампо в 1947 году.
Мацумото написал исторические романы и научную литературу в дополнение к мистическим рассказам и детективам. Он сотрудничал с режиссером Ёситаро Номура для адаптации восьми из его романов, включая Castle of Sand, который считают одним из шедевров японского кино.
Переводы работ Мацумото на русский язык: