Шамиль Рифатович Аляутдинов родился в январе в 1974 г. в Москве. Является потомком выходцев из с. Чембилей Краснооктябрьского р-на Нижегородской обл.
С 1992 по 1998 — выпускник Международной исламской академии и факультета исламского права Университета «аль-Азхар» (Египет).
Юношей изучал ислам на полулегальных курсах при Московской соборной мечети, которые устраивались неофициальной организацией «Саф-Ислам», принимал участие в ряде ее проектов (участвовал в переводе на русский яз. фильма «Рисаля» и т. д.).
С 1991 года официально работает в Духовном управлении мусульман Европейской части России (ДУМЕР).
С 1997 года по настоящее время является проповедником (имам-хатыбом) Московской Мемориальной мечети на Поклонной горе.
В 1998-99 гг. являлся одним из учредителей нового иллюстрированного журнала «Мусульмане».
В 2002 г. — назначен заместителем муфтия Духовного управления мусульман Европейской части России по религиозным вопросам.
В 2005 году — назначен руководителем научно-богословского совета ДУМЕР.
Последние 15 лет посвятил профессиональному изучению исламского богословия.
в 2002 году назначен заместителем муфтия ДУМЕР по религиозным вопросам.
Старший брат имама Соборной мечети Ильдара Аляутдинова.
Женат. Имеет четверых детей.
Шамиль Аляутдинов — один из виднейших представителей новой волны исламских богословов и проповедников России. Устные и письменные проповеди Шамиля-хазрата действуют на качественно новом уровне просветительства, до которого откровенно недотягивает большая часть всех традиционных исламских структур Москвы. Автор многочисленных статей и книг по исламу, написанных в доступной и содержательной форме (в основном в стиле «вопрос — ответ», что характерно для богословских трудов в арабской традиции).
Автор многочисленных книг по исламской тематике: «Путь к вере и совершенству», «Ответы на ваши вопросы об Исламе», «От темы к теме», «Реальность», «Ислам 624», «Он и она», «Он и она 2», «Он и она 3», «Разные мнения… Почему?», «Крик души или кризис духа», «Пост и закят», «Мусульманская молитвенная практика», «Мусульманское право 1—2», «Мир души», «Потусторонние миры», «Все увидят Ад», «Жизнь на Марсе, или Тут вам не здесь», «Священный Коран. Смыслы» (четырехтомник), «Дети и Ислам», «Мужчины и Ислам», «Подарок сыну. Формулы счастья. Для детей от 5 до 60», «Подарок дочери. Формулы счастья. Для детей от 5 до 60», автор и руководитель проекта популярного в Рунете сайта www.umma.ru.
Общий тираж книг Шамиля Аляутдинова — более 250 000 экземпляров.