Черниховский родился в Михайловке (Таврическая губерния). Владел русским, немецким, греческим и латинским языками. Будучи гимназистом переводил на иврит произведения Пушкина. В 15 лет продолжил образование в Одессе. При поддержке Иосифа Клаузнера стал публиковать стихи. Затем уехал в Гейдельберг и Лозанну, где изучал медицину. По возвращении из-за границы работал врачом в Мелитополе и в Харьковской губернии.
В 1910 году переехал в Петербург. Во время первой мировой войны также был врачом в госпитале. После войны возвратился в Одессу, зарабатывал частной практикой.
В 1922 году эмигрировал из России, поселился в Берлине.
В 1931 году переехал в Эрец-Исраэль, участвовал в составлении Словаря медицинских и естественнонаучных терминов (латынь-иврит-английский), работал врачом в школе. С 1936 — представитель литературы на иврите в международном ПЕН-клубе.
Писал стихи на иврите (в то время иврит ещё не был полностью восстановлен как разговорный и часто назывался «древнееврейским языком»). Поэзия воспевает внутреннее возрождение через сионизм, освобождение еврейской души. Кроме лирических стихотворений писал баллады, идиллии и сонеты. Написал серию исторических баллад и поэму («Барух из Майнца»), которые описывают историю еврейства и антисемитизма. Часть произведений Черниховского была переведена Владиславом Ходасевичем. В сонетах Черниховского прослеживается влияние символизма «серебряного века». Перевел на иврит «Илиаду», «Одиссею» и «Слово о полку Игореве».
Наряду с Х. Н. Бяликом ввёл в ивритскую поэзию силлабо-тоническую метрику вместо традиционной силлабики. В этом сказалось влияние русской поэзии. Широко использовал гекзаметр. Для современных носителей иврита, однако, метрику Черниховского часто сложно воспринимать из-за того, что ударения в современном иврите иные, чем в языке, на котором писал поэт; существенно поменялся, став живым средством общения, также и сам язык.